Líneas de Investigación

Estudiamos a los mecanismos evolutivos y ecológicos que generan la diversidad y la adaptación y desarrollar propuestas para conservar esta biodiversidad.

 

Nuestros proyectos más importante son sobre el género Agave, los magueyes, Cucurbita, las calabazas, y Sechium, los chayotes, analizando desde sus genomas y su evolución y adaptación hasta su manejo, y domesticación, sus recursos genéticos y su conservación.

 

En plantas también trabajamos con parientes silvestres de plantas cultivadas como Zea (teosinte y maíz), y los chiles (Capsicum), y en el estudio de plantas del desierto.

 

En animales, nuestro interés principal es mamíferos, especialmente murciélagos nectarívoros, en particular el género Leptonycteris, y en aves, en particular colibríes y la evolución de la nectarivoría y estamos avanzando en el estudio de los genomas de estos animales.

 

Con bacterias hemos trabajado con grupos como Escherichia coli, Rhizobium, Vibrio, Bacillus, Pseudomonas y con las bacterias de Cuatro Cienégas y recientemente con el microbioma de la piel en animales marinos del extremo sur de Chile, todo en colaboración con la Dra. Valeria Souza.

Formación Académica

Posdoctorado:

Associate Researcher.

Department of Botany and Plant Sciences, University of California at Riverside, Estados Unidos.

1990- 1992.

Asesor: Dr. Michael T. Clegg

 

Doctorado:

Doctor en Ecología.

Centro de Ecología, UNAM, México.

1985-1990.

Tesis de Doctorado: Genética de poblaciones de Astrocaryum mexicanum Liebm. en Los Tuxtlas, Veracruz.

Director de Tesis: Dr. Daniel Piñero.

Mención Honorífica a la Tesis Doctoral 

 

Licenciatura:

Biología.

Facultad de Ciencias, UNAM, México.

1979-1983.

Tesis licenciatura: Biología floral de Manfreda brachystachya (Cav.) Rose en el Pedregal de San Angel México, D.F..

Director de tesis: Dr. José Alberto Búrquez Montijo.

Experiencia profesonal

Visiting researcher (sabático), Department of Plant and Microbial Biology, University of Minnesota, St. Paul, MN, EUA, 2017 - 2018.

 

Jefe de Departamento, Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, UNAM, México, 2011 -2013.

 

Visiting researcher (sabático), Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California at Irvine, EUA, 2009 - 2010.

 

Investigador Titular “C” de tiempo completo definitivo, Instituto de Ecología, UNAM, México, 2002 a la fecha.

 

Jefe de Departamento, Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, UNAM, México, 2001 al 28 de febrero - 2005.

 

Visiting researcher (sabático), Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California at Irvine, EUA 1999 - 2000.

 

Investigador Titular “B” de tiempo completo definitivo, Centro de Ecología/Instituto de Ecología, UNAM, México, 1995 - 2002.

 

Investigador Titular "A" de tiempo completo, Centro de Ecología, C.U., UNAM, México, 1992 -1995.

 

Investigador asociado "C" de tiempo completo, Centro de Ecología, C.U., UNAM, México, 1990.

 

Técnico académico asociado “A” de tiempo completo, proyecto "Evolución y genética del frijol (Phaseolus spp.)", a cargo del Dr. Daniel Piñero, departamento de Ecología del Instituto de Biología, C.U., UNAM, México, 1984 -1986.

Premios y Distinciones

Miembro electo, International Honorary Member, American Academy of Arts and Sciences, 20 de abril, 2020.

Howard Scott Gentry Research and Conservation Award 2022, The Southwest Center, University of Arizona, junto con Valeria Souza, en reconocimiento a nuestros estudios a largo plazo con Agaves. Tucson, Arizona, EUA, 28 de Abril, 2022.

Miembro del Sistema Nacional de Investigadores (SNI): Nivel III del 2006 a la fecha, renovado de 2012 al 2016, y de 2017 al 2026; Nivel II, del 1999 al 2006; Nivel I de 1990 al 1999;

Estímulos Pride, UNAM, Nivel Nivel D, desde 2003, renovado 2008, renovado 2013, renovado 2018.

Mención Honorífica del Premio al Mérito Ecológico 2014, 5 de junio 2014, SEMARNAT.

Vicepresidente, Sociedad Científica Mexicana de Ecología, del 2016 al 2018.

Medalla Faustino Miranda en reconocimiento a su contribución académica en la Ecología, Instituto de Ecología, UNAM, 25 de abril del 2011.

Medalla Gabino Barreda al mejor promedio de la generación, Doctorado en Ecología, UNAM, 1990.

Segundo lugar, certamen de Tesis de Posgrado en Botánica "Efraím Hernández Xolocotzi" 1990, Colegio de Postgraduados, Chapingo, México.

Mención Honorífica a la Tesis Doctoral, 1990.

Diploma por haberse distinguido entre los tres primeros lugares de Biólogo, generación 1979-1982, Facultad de Ciencias, C.U., UNAM.

 

En este momento estamos estudiando intensamente la biología evolutiva y los recursos genéticos de los géneros Agave (magueyes), Cucurbita (calabazas) y Sechium (chayotes), Estamos desarrollando estudios genómicos evolutivos y genómicos poblaciones, analizando su filogeografía y evolución molecular, con énfasis en el estudio de los efectos del manejo y domesticación, su conservación, su distribución, filogenia y reloj molecular.  

También trabajamos con otras plantas, especialmente de zonas áridas y semiáridas, con árboles del género Abies y con el teosinte y el maíz y los chiles, entre otros grupos vegetales.

 

AGAVE, LOS MAGUEYES

Estamos estudiando diferentes especies, con particular énfasis en los agaves mezcaleros en sus poblaciones silvestres y manejadas con métodos genómicos, incluyendo el estudio de su genoma completo y la filogenia del género

En este momento tenemos apoyos de PAPIIT, DGAPA, UNAM y del CONACyT

Trabajamos en colaboración del Dr. Rafael Lira de la UBIPRO, FES-Iztacala, UNAM. La Dra. Erika Aguirre Planter, el Dr. Alfonso Valiente Banuet, el Dr. Daniel Piñero Dalmau  y el Dr, Francisco Molina Freaner, los cuatro del Instituto de Ecología, UNAM. La Dra. Alejandra Moreno-Letelier, del Instituto de Biología, UNAM, y el Dr. Jim Leebens-Mack de la University of Georgia, Athens, y la Dra. Anastasia Klimova, posdoc del Instituto de Ecología, y las alumnas de doctorado Karen Y. Ruiz Mondragón y Irene Martínez Velasco.

 

CUCURBITA, LAS CALABAZAS

Estamos trabajando con todas las especies del género, especialmente las cultivadas y sus parientes silvestres cercanos. Nuestros estudios son tanto genómicos, como de filogeografía y evolución molecular, sobre su domesticación, recursos genéticos, distribución, filogenia y reloj molecular del género.

El proyecto fue financiando por la CONABIO, y se realiza en colaboración con el Dr. Rafael Lira de la UBIPRO, FES-Iztacala, UNAM, el Dr. Salvador Montes, del INIFAP-Celaya, la Dra. Gabriela Castellanos Morales del Colegio de la Frontera Sur, Unidad Villahermosa, las Dras. Valeria Souza y Erika Aguirre-Planter del Instituto de Ecología, UNAM, el Dr. Enrique Ibarra-Laclette del Instituto de Ecología A.C., Xalapa, la Dra. Alejandra Vázquez-Lobo de la Universidad de Morelos y la Dra. Xitlali Aguirre-Dugua del Colegio de Postgraduados, Campus Montecillo.

Colaboran en el proyecto como posdocs los Drs. Guillermo Sanchez de la Vega y Jaime Gasca Pineda y los estudiantes de doctorado Carmina Martínez-Gonzaléz y Emanuel Villafán de la Torre. Antes trabajaron los alumnos de doctorado Helena S. Hernández-Rosales y Josué Barrera-Redondo, ya recibidos.

 

SECHIUM, LOS CHAYOTES

Acabamos de inciair estre proyecto, que es otra colaboración con el Dr. Rafael Lira de la UBIPRO, FES-Iztacala, UNAM y la Dra. Erika Aguirre Planter del Instituto de Ecología, con apoyo de la Secretaría de Desarrollo Institucional. UNAM.

Estamos colectando las diferentes variedades cultivadas del género y a sus parientes silvestres. Nuestros estudios son tanto de genómica de poblaciones, como de filogeografía y evolución molecular, sobre su domesticación, recursos genéticos, distribución, filogenia y reloj molecular del género.

Están colaborando la alumna de doctorado Cécile Truchot Taillefer, y como podocs  Drs. Guillermo Sanchez de la Vega, Jaime Gasca Pineda.

 

MURCIÉLAGOS Y COLIBRÍES

Estudiamos la genómica evolutiva comparada y aspectos de la filogeografía de murciélagos nectarívoros, especialmente del género Leptonycteris y de diferentes colibríes y otras aves nectarívoras.

En particular estamos trabajando con detalle la filogeografía y evolución molecular de las tres especies de Leptonycteris.

En esto proyecto colaboramos del Dr. Carlos Martínez del Río, de la Universidad de Wyoming, EUA.  http://www.uwyo.edu/cmdelrio/site/welcome.html, con la Dra. Blanca Hernández Baños, de la Facultad de Ciencias, UNAM, y el Dr. Rodrigo Medellín Legorreta, del Instituto de Ecología, UNAM.

Inicialmente estos estudios fueron financiados por un proyecto de Fronteras de la Ciencia, del CONACyT, 2015, número 17 y actualmente estamos colaborando con el Proyecto Conacyt, Ciencia de Frontera 2019, Número 15307 “Ensamblaje y anotación funcional de genomas de los murciélagos endémicos mexicanos”, con el Dr. Jorge Ortega Reyes de la Escuela Nacional del Ciencias Biológicas y la Dra. Gabriela Castellanos Morales del Colegio de la Frontera Sur.

En este momento están trabajando en estos proyectos la posdoc Yuyini Licona Vera, y los alumnos de doctorado Roberto Emiliano Trejo Salazar (Leptonycteris), Ana Paula Durán Suárez del Real (colibríes y otras aves) y el alumno de licenciatura Sebastián Alfredo Hernández Santillán (Leptonycteris). Antes trabajó en su doctorado Yocelyn Teresa Gutiérrez Guerrero en este proyecto, que ya se recibió.

 

MICROBIOLOGÍA EVOLUTIVA

Seguimos trabajando en Cuatro Ciénegas e iniciamos los estudios con el microbioma de la piel en animales marinos del extremo sur de Chile, con la Dra. Valeria Souza Saldivar.

 

GOOGLE SCHOLAR

Para encontrar la lista actualizada de los artículos y capítulos en libros producidos en el laboratorio de Evolución Molecular y Experimental , se recomienda usar a Google Scholar, dado que se actualiza automáticamente y se mantiene relativmente bien curada:

https://scholar.google.com.mx/citations?user=rddAc6cAAAAJ&hl=en

https://scholar.google.com.mx/citations?user=O086HIwAAAAJ&hl=en

 

RESEARCH GATE

También pueden revisar los artículos y otros datos en Research Gate:

https://www.researchgate.net/profile/Luis-Eguiarte

https://www.researchgate.net/profile/Valeria-Souza-4

 

A continuación anexamos una la lista de algunas de las publicaciones asociadas con los principales proyectos activos en nuestro laboratorio.

ECOLOGÍA EVOLUTIVA DE AGAVE Y GÉNEROS RELACIONADOS

Anastasia Klimova, Karen Y. Ruiz Mondragón, Francisco Molina Freaner, Erika Aguirre-Planter and Luis E. Eguiarte (2022) Genomic analyses of wild and cultivated bacanora agave (Agave angustifolia var. pacifica) reveal inbreeding, few signs of cul-tivation history and shallow population structure. Plants 11: 1426: 1-20.  https://doi.org/10.3390/plants11111426.  

Luis E. Eguiarte, James Leebens Mack and Karolina Heyduk (2021) Editorial: Recent Advances and Future Perspectives for Agavoideae Research: Agave, Yucca and Related Taxa. Frontiers Plant Science. 12:687596. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.687596

Eguiarte, L. E., O. A. Jiménez Barrón, E. Aguirre-Planter, E. Scheinvar, N. Gámez, J. Gasca-Pineda, G. Castellanos-Morales, A. Moreno-Letelier, V. Souza. 2021. Evolutionary ecology of Agave: distribution patterns, phylogeny, and coevolution (an homage to Howard S. Gentry). American Journal of Botany 108(2): 1–20.  doi:10.1002/ajb2.1609. https://bsapubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ajb2.1609

Ofelia Jiménez-Barrón, Ricardo García-Sandoval, Susana Magallón, Abisaí García-Mendoza, Jorge Nieto-Sotelo, Erika Aguirre-Planter and Luis E. Eguiarte. 2020. Phylogeny, diversification rate, and divergence time of Agave sensu lato (Asparagaceae), a group of recent origin in process of diversification. Frontiers in Plant Science 11:536135. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.536135

Erika Aguirre-Planter, J. Gilberto Parra-Leyva, Santiago Ramírez-Barahona, Enrique Scheinvar, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2020. Phylogeography and genetic diversity in a southern North American desert: Agave kerchovei from the Tehuacán-Cuicatlán Valley, Mexico. Frontiers in Plant Science 11: 863 doi: 10.3389/fpls.2020.00863. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.00863/full

Leonardo De la Rosa-Conroy, Stephen H. Bullock, Luis E. Eguiarte, Jaime Gasca-Pineda, Rafael Bello-Bedoy and Maria Clara Arteaga. 2019. Genetic patterns and changes in availability of suitable habitat support a colonization history of a North American perennial plant. Plant Biology 22: 233–242  https://doi.org/10.1111/plb.13053.

De la Rosa-Conroy, L., Arteaga, M.C., Bullock, S. H., Eguiarte, L.E., Bello-Bedoy, R. 2019. Population variation in the intensity of fruit infestation and pre-dispersal seed predation in Yucca schidigera (Asparagaceae) by its obligate pollinator. Plant Ecology, 220 (7-8): 711-720. https://doi.org/10.1007/s11258-019-00946-9.

Flores-Abreu I. N. Trejo-Salazar R. E., Sánchez-Reyes L.L., Good-Avila S.,Magallón S., García-Mendoza A., Eguiarte L.E. 2019. Tempo and mode in coevolution of Agave sensu lato (Agavoideae, Asparagaceae) and its bat pollinators, Glossophaginae (Phyllostomidae). Molecular Phylogenetics and Evolution 133: 176–188 https://doi.org/10.1016/j.ympev.2019.01.004

Enrique Scheinvar, Niza Gamez, Gabriela Castellanos-Morales, Erika Aguirre-Planter, Luis E. Eguiarte. 2017. Neogene and Pleistocene history of Agave lechuguilla in the Chihuahuan Desert. Journal of Biogeography 44: 322–334  https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/jbi.12851

Patricia Colunga-García Marín, Ignacio Torres-García, Alejandro Casas, Carmen J. Figueredo, Selene Rangel-Landa, América Delgado, Ofelia Vargas, Dánae Cabrera-Toledo, Xitlali Aguirre-Dugua, Luis Eguiarte, Daniel Zizumbo-Villarreal, Guadalupe Carrillo-Galván (2017) Los agaves y las prácticas mesoamericanas de aprovechamiento, manejo y domesticación. En Alejandro Casas, Juan Torres-Guevara y Fabiola Parra [Coordinadores]. Domesticación en el continente americano. Volumen 2. Investigación para el manejo sustentable de recursos genéticos en el Nuevo Mundo. Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México y Universidad Nacional Agraria La Molina del Perú, Lima, Perú. pp 273- 308. 575 págs.

Michael R. McKain, Joel R. McNeal, P. Roxanne Kellar, Luis E. Eguiarte, J. Chris Pires, Jim Leebens-Mack. 2016. Timing of rapid diversification and convergent origins of active pollination within Agavoideae (Asparagaceae). American Journal of Botany. 103(10): 1717-1729, doi:10.3732/ajb.1600198.

Roberto Emiliano Trejo-Salazar, Luis E. Eguiarte, David Suro-Piñera, Rodrigo A. Medellin. 2016. Save our bats, save our tequila: Industry and science join forces to help bats and agaves. Natural Areas Journal 36(4): 523-530. http://dx.doi.org/10.3375/043.036.0417

Laura Trejo, Leonardo O. Alvarado-Cárdenas, Enrique Scheinvar and Luis E. Eguiarte. 2016. Population genetic analysis and bioclimatic modeling in Agave striata in the Chihuahuan Desert indicate higher genetic variation and lower differentiation in drier and more variable environments. American Journal of Botany 103 (6): 1020-1029, doi:10.3732/ajb.1500446.

Eguiarte Fruns, L.E.,  E. Scheinvar, J. Golubov y M.C. Mandujano (2015) Ecología y genética del maguey. En, Agua de las verdes matas: Tequila y maguey. José Luis Vera Cortés y Rodolfo Fernández, compliadores. Editorial Artes de México, e Instituto Nacional de Antropología e Historia, México, D.F., México. Págs. 183-212, 246 págs. ISBN 978-607-461-175-5.

Roberto Emiliano Trejo Salazar, Enrique Scheinvar y Luis E. Eguiarte. 2015. ¿Quién poliniza realmente a los agaves?: Diversidad de visitantes florales en tres especies de Agave (Agavoideae, Asparagaceae). Revista Mexicana de Biodiversidad 86 (2): 358–369 http://dx.doi.org/10.1016/j.rmb.2015.04.007

Vanessa Rojas-Piña, Mark E. Olson, Leonardo O. Alvarado-Cárdenas, Luis E. Eguiarte.  2014. Molecular phylogenetics and morphology of Beaucarnea (Ruscaceae) as distinct from Nolina, and the submersion of Calibanus into Beaucarnea. Taxon. 63 (6): 1193–1211. DOI: http://dx.doi.org/10.12705/636.31

Luis E. Eguiarte, Erika Aguirre-Planter, Xitlali Aguirre, Ricardo Colín, Andrea González, Martha Rocha, Enrique Scheinvar, Laura Trejo and Valeria Souza. 2013. From isozymes to genomics: Population genetics and conservation of Agave in México. Botanical Review 79 (4) : 483-506. DOI 10.1007/s12229-013-9123-x

Xitlali Aguirre-Dugua y Luis E. Eguiarte.  2013. Genetic diversity, conservation and sustainable use of wild Agave cupreata and Agave potatorum extracted for mezcal production in Mexico. Journal of Arid Environments 90: 36-44. Impacto revista 1.723. http://dx.doi.org/10.1016/j.jaridenv.2012.10.018

Eguiarte L.E. y V. Souza (2007) Historia natural del Agave y sus parientes: Evolución y Ecología. En P. Colunga-García Marín, A. LarquéSaavedra, L. E. Eguiarte, y D Zizumbo-Villareal, eds., 2007. En lo ancestral hay futuro: del tequila, los mezcales y otros agaves. Cicy, Mérida, Yucatán, México. ISBN 978-968-6532-18-0

Eguiarte Fruns L. E. y A. González González (2007) De genes y magueyes:  el estudio y conservación de los recursos genéticos del tequila y el mezcal. Ciencias, revista de difusión 87 (julio-septiembre): 28-35.

Eguiarte L.E.  y H. T. Arita (2007) ¡Bienvenidos a México! The natural history of tequila and mezcal, or, the tequila connection, take two. Tropinet, Newsletter to the Association for Tropical Biology and Conservation 18 (2) 1-3.

Good-Avila,S. V., V. Souza, B. S. Gaut y L. E. Eguiarte (2006) Timing and rate of speciation in Agave (Agavaceae). PNAS. 103: 9124-9129. https://www.pnas.org/content/103/24/9124.short

Rocha, M, S. V. Good-Avila, F. Molina-Freaner, H. Arita, A. Castillo, A. García-Mendoza, A. Silva-Montellano, B. S. Gaut, V. Souza y L. E. Eguiarte. (2006) Pollination biology and adaptive radiation of Agavaceae, with special emphasis in the genus Agave. Aliso 22: 329-344. https://scholarship.claremont.edu/aliso/vol22/iss1/27/

Rocha, M., A. Valera y  L.  E. Eguiarte (2005) Reproductive ecology of five sympatric Agave Littaea (Agavaceae) species in central Mexico. American Journal of Botany 92: 1330-1341.

Molina-Freaner, F. y L.E. Eguiarte (2003) The pollination biology of two panicualted Agaves (Agavaceae) from Nortwestern Mexico: contrasting roles of bats as pollinators. Am. J. Botany 90: 1016-1024.

Silva-Montellano A. y L. E. Eguiarte (2003) Geographical patterns in the reproductive ecology of Agave lechuguilla (Agavaceae) in the Chihuahuan desert: II. Genetic variation, differentiation and inbreeding estimates. Am. J. of Botany 90: 700-707.

Silva-Montellano, A. y L. E. Eguiarte (2003) Geographical patterns in the reproductive ecology of Agave lechuguilla (Agavaceae) in the Chihuahuan desert: I.  Floral characteristics, visitors and fecundity. Am. J. of Botany  90 (3) : 377- 388.

Navarro-Quezada, A., González, R., F. Molina-Freaner y L. E. Eguiarte (2003) Genetic differentation in the Agave deserti (Agavaceae) complex in the Sonoran Desert. Heredity. 90: 220-227.

Chase, M.W , A.Y. DeBrujin, A.V.Cox, G. Reeves, P.J. Rudall, M.A.T. Johnson y L. E. Eguiarte. (2000). Phylogenetics of Asphodelacaea; Asparagales:  An analysis of plastid rbcL and trnL-F DNA sequences. Annals of Botany. 86: 935-951.

Eguiarte, L .E., J. Larson-Guerra, J. Nuñez-Farfán, A. Martínez-Palacios, K. Santos del Prado y H.T. Arita (1999). Diversidad filogenética y conservación: ejemplos a diferentes escalas y una propuesta a nivel poblacional para Agave victoria-reginae en el desierto de Chihuahaua, México. Revista Chilena de Historia Natural. 72: 475-492.

Martínez-Palacios, A., L. E.  Eguiarte y G. R. Furnier. (1999) Genetic diversity of the endangered endemic Agave victoriae-reginae  (Agavaceae) in the Chihuahuan desert. American Journal of Botany 86: 1093-1097.

Colunga-GarcíaMarín, P.,  J. Coello-Coello, L. Eguiarte y D. Piñero. (1999) Isoenzymatic variation and phylogenetic relations between henequén Agave furcroydes Lem. and its wild ancestor A.angustifolia Haw. American Journal of Botany 86: 115-123.

Eguiarte, L. E. (1995)  Hutchinson (Agavales) vs. Huber y Dahlgren (Asparagales): análisis moleculares sobre la filogenia y evolución de las familias Agavaceae sensu Hutchinson dentro de las  monocotiledóneas. Boletín de la Sociedad Botánica de México. 56: 45-56.

Eguiarte, L. E., M.R.Duvall, G.H. Learn, Jr. y M.T. Clegg (1994) The systematic status of the Agavaceae and Nolinaceae and related Asparagales in the Monocotyledons: An analysis base on the rbcL gene sequence. Boletín de la Sociedad Botánica de México 54:35-56.

Eguiarte, L. E. y A. Búrquez (1988) Reducción en la fecundidad en Manfreda brachystachya (Cav.) Rose, una agavácea polinizada por murciélagos: los riesgos de la especialización en la polinización. Boletín de la Sociedad Botánica de México 48: 147-149.

Eguiarte, L., y A. Búrquez (1987) Reproductive ecology of Manfreda brachystachya, an iteroparous species of Agavaceae. The Southwestern Naturalist 32: 169-178.

Martínez del Río, C. y L. E. Eguiarte (1987) Bird visitation to Agave salmiana: comparision among hummingbirds and perching birds. Condor 89: 357-363.

 

CALABAZAS

Josué Barrera-Redondo, Guillermo Sánchez-de la Vega, Jonás A. Aguirre-Liguori, Gabriela Castellanos-Morales, Yocelyn T. Gutiérrez-Guerrero, Xitlali Aguirre-Dugua, Salvador Montes-Hernández, Erika Aguirre-Planter, Maud Tenaillon, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2021. The domestication of Cucurbita argyrosperma as revealed by the genome of its wild relative. Horticulture Research 8:109. https://doi.org/10.1038/s41438-021-00544-9.

Carmina Martínez-González, Gabriela Castellanos-Morales, Josué Barrera-Redondo, Guillermo Sánchez-de la Vega, Helena S. Hernández-Rosales, Jaime Gasca-Pineda, Erika Aguirre-Planter, Alejandra Moreno-Letelier, Ana E. Escalante, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2021. Recent and historical gene flow in cultivated zucchini (C. pepo ssp. pepo) and its wild relative, C. pepo ssp. fraterna in Mexico. Front. Ecol. Evol. 9:656051. doi: 10.3389/fevo.2021.656051. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2021.656051/full

Heather R. Kates, Fernando López Anido, Guillermo Sánchez-de la Vega, Luis E. Eguiarte, Pamela S. Soltis, Douglas E. Soltis. 2021. Targeted sequencing suggests wild-crop gene flow is central to different genetic consequences of two independent pumpkin domestications. Frontiers in Ecology and Evolution. 9:618380.https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2021.618380/full

Josué Barrera-Redondo, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte.2020.  The shapes of gourds and tendrils: How the Cucurbitaceae diversity, molecular and morphological novelties evolved via whole-genome duplications. Molecular Plant 13: 1108-1110 https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.06.012

Helena S. Hernández-Rosales, Gabriela Castellanos-Morales, Guillermo Sánchez de la Vega, Erika Aguirre-Planter, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2020.  Phylogeographic and population genetic analyses of Cucurbita moschata reveal a domestication in Mesoamerica and divergence of two mitochondrial linages linked to an elevational gradient.  American Journal of Botany.107(3): 1– 16. https://bsapubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ajb2.1424

Xitlali Aguirre-Dugua, Gabriela Castellanos-Morales, Leslie M. Paredes-Torres, Helena S. Hernández-Rosales, Josué Barrera-Redondo, Guillermo Sánchez-de la Vega, Fernando Tapia-Aguirre, Karen Y. Ruiz-Mondragón, Enrique Scheinvar, Paulina Hernández, Erika Aguirre-Planter, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2019. Evolutionary dynamics of transferred sequences between organellar genomes in Cucurbita. Journal of Molecular Evolution. 87:327–342. https://doi.org/10.1007/s00239-019-09916-1

Gabriela Castellanos-Morales, Karen Y. Ruíz-Mondragón, Helena S. Hernández-Rosales, Guillermo Sánchez-de la Vega, Erika Aguirre-Planter, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2019. Tracing back the origin of pumpkins (Cucurbita pepo ssp. pepo L.) in Mexico. Proceedings of the Royal Society B 286: 20191440, http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2019.1440

Josué Barrera-Redondo, Enrique Ibarra-Laclette, Alejandra Vázquez-Lobo, Yocelyn T. Gutierrez-Guerrero, Guillermo Sánchez de la Vega, Daniel Piñero, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2019. The genome of Cucurbita argyrosperma (silver-seed gourd) reveals faster rates of protein-coding gene and long noncoding RNA turnover and neofunctionalization within Cucurbita. Molecular Plant,. https://doi.org/10.1016/j.molp.2018.12.023.

Luis E. Eguiarte, Helena S. Hernández-Rosales, Josué Barrera-Redondo, Gabriela Castellanos-Morales, Leslie M. Paredes-Torres, Guillermo Sánchez de la Vega, Karen Y. Ruíz Mondragón, Alejandra Vázquez Lobo, Salvador Montes-Hernández, Erika Aguirre-Planter, Valeria Souza, Rafael Lira.  2018. Domesticación, diversidad y recursos genéticos y genómicos de México: El caso de las calabazas. TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas, 21(Supl. 2): 85-101. DOI: 10.22201/fesz.23958723e.2018.0.159

Gabriela Castellanos-Morales, Leslie Paredes, Niza Gámez, Helena S. Hernández-Rosales, Guillermo Sánchez de la Vega, Josué Barrera-Redondo, Erika Aguirre-Planter, Alejandra Vázquez-Lobo, Salvador Montes, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2018. Historical biogeography and phylogeny of Cucurbita: insights from ancestral area reconstruction and niche evolution. Molecular Phylogenetics and Evolution 128:38-54. FI 4.412. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.07.016

Guillermo Sanchez de la Vega, Gabriela Castellanos-Morales, Niza Gámez, Helena S. Hernández-Rosales, Alejandra Vázquez-Lobo, Erika Aguirre-Planter,  Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2018. Genetic resources in the “calabaza pipiana” pumpkin (Cucurbita argyrosperma) in Mexico: Genetic diversity, genetic differentiation and distribution models. Frontiers in Plant Science. Volume 9 | Article 400, 18 págs. https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00400

Rafael Lira, Luis E. Eguiarte, Salvador Montes, Daniel Zizumbo-Villarreal, Patricia Colunga-García Marín, Mauricio Quesada (2016).  Homo sapiens-Cucurbita interaction in Mesoamerica: Domestication, Dissemination and Diversification. In Lira, Rafael, Casas, Alejandro, Blancas, José (Eds.). Ethnobotany of Mexico: Interactions of People and Plants in Mesoamerica, pp. 389-401. Springer New York, 2016. ISBN 978-1-4614-6668-0. pp. 389-401. 560 págs.

Montes-Hernandez S., Merrick L.C., Eguiarte L.E. (2005) Maintenance of squash (Cucurbita spp.) landrace diversity by farmers' activities in Mexico. Genetic Resources and Crop Evolution 52 (6): 697-707.

Montes-Hernández, S. y L.E. Eguiarte (2002) Genetic structure and indirect estimates of gene flow in three taxa of Cucurbita in Western Mexico.  American Journal of Botany 89: 1156-1163.

 

ECOLOGÍA EVOLUTIVA DEL TEOSINTE (MAÍZ SILVESTRE) Y DOMESTICACIÓN DEL MAÍZ

Jonas A. Aguirre-Liguori, Javier A. Luna-Sánchez, Jaime Gasca-Pineda and Luis E. Eguiarte. 2020. Evaluation of the minimum sampling design for population genomic and microsatellite studies. An analysis based on wild maize. Frontiers in Genetics11: 870. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00870

Gasca-Pineda, Jaime, Yocelyn T. Gutierrez-Guerrero, Erika Aguirre-Planter, Luis E. Eguiarte. 2020. The role of historical and contemporary environmental factors in the distribution of genetic diversity in teosinte in Mexico. American Journal of Botany 107(11): 1542 –1554 https://bsapubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ajb2.1561

Alejandra Moreno-Letelier, J.A. Aguirre-Liguori, Daniel Piñero, Alejandra Vázquez-Lobo, Luis E. Eguiarte. 2020. The relevance of gene flow with wild relatives in understanding the domestication process. Royal Society Open Science. 7: 191545. http://dx.doi.org/10.1098/rsos.191545

Aguirre-Liguori Jonás A, Ramírez-Barahona Santiago, Tiffin, P., Eguiarte Luis E. 2019. Climate change is predicted to disrupt patterns of local adaptation in wild and cultivated maize. Procc. Royal Society B 286: 20190486. https://royalsocietypublishing.org/doi/pdf/10.1098/rspb.2019.0486

M-A. Fustier, N.E. Martínez-Ainsworth, A. Venon, H. Corti, A. Rousselet, F. Dumas, H. Dittberner, J.A. Aguirre-Liguori, M.G. Camarena, D. Grimanelli, M. Falque, L. Moreau, J. de Meaux, S. Montes, L.E. Eguiarte, Y. Vigouroux, D. Manicacci, M.I. Tenaillon.. 2019. Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude. e1008512. https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1008512

Jonás A. Aguirre-Liguori, Brandon S. Gaut, Juan Pablo Jaramillo-Correa, Maud I. Tenaillon, Salvador Montes-Hernández, Felipe García-Oliva, Sarah Hearne, Luis E. Eguiarte. 2019. Divergence with gene flow is driven by local adaptation to temperature and soil phosphorus concentration in teosinte subspecies (Zea mays parviglumis and Zea mays mexicana). Molecular Ecology, 28: 2814–2830. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/mec.15098

M.-A. Fustier, J.T Brandenburg, S. Boitard, J. Lapeyronnie, L.E. Eguiarte, Y. Vigouroux, D. Manicacci, M.I Tenaillon. 2017. Signatures of local adaptation in lowland and highland teosintes from whole-genome sequencing of pooled samples. Molecular Ecology 26: 2738–2756. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/mec.14082

Jonás A. Aguirre-Liguori, Maud I. Tenaillon, Alejandra Vázquez-Lobo, Brandon S. Gaut, Juan Pablo Jaramillo-Correa, Salvador Montes, Valeria Souza, Luis E. Eguiarte. 2017. Connecting genomic patterns of local adaptation and niche suitability in teosintes. Molecular Ecology. 26 (16): 4226–4240. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/mec.14203

María Clara Arteaga, Alejandra Moreno-Letelier, Alicia Mastretta-Yanes, Alejandra Vázquez-Lobo, Alejandra Breña Ochoa, Andrés Moreno, Luis E. Eguiarte and Daniel Piñero. 2016. Genomic variation in recently collected maize landraces from Mexico. Genomics Data 7: 38-45. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213596015300714

Jonás Andrés Aguirre Liguori, Erika Aguirre Planter, Luis E. Eguiarte (2016) Genetics and ecology of wild and cultivated maize: domestication and introgression. In Lira, Rafael, Casas, Alejandro, Blancas, José (Eds.). Ethnobotany of Mexico: Interactions of People and Plants in Mesoamerica. Springer New York, 2016.

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4614-6669-7_16

Concepción M. Díez, Brandon S. Gaut, Esteban Meca, Enrique Scheinvar, Salvador Montes-Hernández, Luis E. Eguiarte and Maud I. Tenaillon. 2013. Genome size variation in wild and cultivated maize along altitudinal gradients. New Phytologist 199, (1): 264–276. https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/nph.12247

Eguiarte, Luis E., Jonás A. Aguirre-Liguori, Lev Jardón-Barbolla, Erika Aguirre-Planter y Valeria Souza. 2013. Genómica de poblaciones: nada en evolución va a tener sentido si no es a la luz de la genómica, y nada en genómica tendrá sentido si no es a la luz de la evolución. TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas, 16(1):42-56. https://www.medigraphic.com/cgi-bin/new/resumen.cgi?IDARTICULO=42709

Hufford Matthew B., Enrique Martinez-Meyer, Brandon S. Gaut, Luis E. Eguiarte, Maud I. Tenaillon. 2012. Inferences from the Historical Distribution of Wild and Domesticated Maize Provide Ecological and Evolutionary Insight. Plos One, 7 (11) e47659. https://journals.plos.org/plosone/article/file?type=printable&id=10.1371/journal.pone.0047659

Van Heerwaarden, Joost; Ross-Ibarra, Jeffrey; Doebley, John; Glaubitz, Jeffrey; Sánchez González, Jose de Jesús; Gaut, Brandon; Eguiarte, Luis. 2010  Fine scale genetic structure in the wild ancestor of maize (Zea mays ssp. parviglumis). Molecular Ecology 19: 1162–1173. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/j.1365-294X.2010.04559.x

 

ECOLOGÍA EVOLUTIVA DE CUATRO CIÉNEGAS, 76 contribuciones

 

  1. Manuel II García-Ulloa, Valeria Souza, Gabriela Olmedo-Alvarez and Luis E. Eguiarte .2022. Can bacterial populations go extinct? Evolutionary biology and bacterial studies in Cuatro Ciénegas shed light on the extinction process. In Souza Valeria, Mandujano, María C., Irene Pisanty, L. E. Eguiarte (eds.) 2022. Conflicts between biodiversity conservation and humans - The case of the Chihuahuan desert and Cuatro Ciénegas. Vol. 6 Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG. Cham, Switzerland. Chapter 9. Págs. 143-162. ISSN 2523-7292, ISBN 978-3-030-83269-8. https://doi.org/10.1007/978-3-030-83270-4_9
  2. Valeria Souza, Gabriela Olmedo-Alvarez and Luis E. Eguiarte 2022. Conservation of the most diverse oasis of the world and the future of our path in the deserts: Lessons from Cuatro Ciénegas to the world. In Souza Valeria, Mandujano, María C., Irene Pisanty, L. E. Eguiarte (eds.) 2022. Conflicts between biodiversity conservation and humans - The case of the Chihuahuan desert and Cuatro Ciénegas. Vol. 6 Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Chapter 11. Pages 171- 181. Springer International Publishing AG. Cham, Switzerland. ISSN 2523-7292, ISBN 978-3-030-83269-8. https://doi.org/10.1007/978-3-030-83270-4_11
  3. Valeria Souza, María C. Mandujano Irene Pisanty Luis E. Eguiarte. 2022. Preface. In Souza Valeria, Mandujano, María C., Irene Pisanty, L. E. Eguiarte (eds.) 2022. Conflicts between biodiversity conservation and humans - The case of the Chihuahuan desert and Cuatro Ciénegas. Vol. 6 Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Pages v-x. Springer International Publishing AG. Cham, Switzerland. ISSN 2523-7292, ISBN 978-3-030-83269-8. https://doi.org/10.1007/978-3-030-83270-4_11
  4. Souza Valeria, Mandujano, María C., Irene Pisanty, L. E. Eguiarte (eds.) 2022. Conflicts between biodiversity conservation and humans - The case of the Chihuahuan desert and Cuatro Ciénegas. Vol. 6. Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG. Cham, Switzerland, Preface + 11 chapters. xiv + 191 págs. ISSN 2523-7292, ISBN 978-3-030-83269-8. https://doi.org/10.1007/978-3-030-83270-4
  5. Espinosa-Asuar L, Monroy-Guzmán C, Madrigal-Trejo D, Navarro-Miranda M, Sánchez-Pérez J, Buenrostro Muñoz J, Villar J, Cifuentes Camargo JF, Kalambokidis M, Esquivel-Hernandez DA, Viladomat Jasso M, Escalante AE, Velez P, Figueroa M, Martinez Cardenas A, Ramirez-Barahona S, Gasca-Pineda J, Eguiarte LE, Souza V. 2022. Diversity of an uncommon elastic hypersaline microbial mat along a small-scale transect. PeerJ 10:e13579 https://peerj.com/articles/13579/
  6. Manuel II Garcia-Ulloa, Valeria Souza, Diego A. Esquivel-Hernandez, Jazmín Sánchez-Pérez, Laura Espinosa-Asuar, Mariette Viladomat, Montserrat Marroquín-Rodriguez, Marisol Navarro-Miranda, Jair Ruiz-Padilla, Camila Monroy-Guzmán, David Madrigal-Trejo, Manuel Rosas-Barrera, Mirna Vázquez-Rosas-Landa y E. Luis Eguiarte. 2022. Recent differentiation of aquatic bacterial communities in a hydrological system in the Cuatro Ciénegas Basin, after a natural perturbation. Frontiers in Microbiology. 13: 825167, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2022.825167/full
  7. Manuel II Garcia-Ulloa, Ana Elena Escalante, Alejandra Moreno-Letelier, Luis E. Eguiarte and Valeria Souza. 2021. Evolutionary rescue of an environmental Pseudomonas otitidis in response to anthropogenic perturbation. Frontiers in Microbiology 11: 563885, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.563885/full
  8. Souza V. y L.Eguiarte (eds.) y D. Jaramillo (fotógrafo) (2020). Parpadeo Cósmico. Cuatro Ciénegas, Coahuila. Génesis. Gómez Palacios, Durango, México. 274 pág.  
  9. Marini -Macouzet, Constanza; Muñoz, Luis; Gonzalez-Rubio, Aldo; Eguiarte, Luis E; Souza, Valeria; Velez, Patricia. 2020. Experimental analysis of interactions among saprotrophic fungi from a phosphorous-poor desert oasis in the Chihuahuan Desert. Mycobiology.  https://doi.org/10.1080/12298093.2020.1788271
  10. Dainiz Hernández y Hernández, John Larsen, Antonio González-Rodríguez, Yunuen Tapia-Torres, Erick de la Barrera, Luis E. Eguiarte and Felipe García-Oliva. 2020. Cooperation between Sporobolus airodes and associated arbuscular mycorrhizal fungi for phosphorus acquisition under drought conditions in an oligotrophic desert ecosystem. Rhizosphere 15: 100225 https://doi.org/10.1016/j.rhisph.2020.100225
  11. Mirna Vazquez Rosas Landa, Gabriel Yaxal Ponce-Soto, Jonás A. Aguirre-Liguori, Shalabh Thakur, Enrique Scheinvar, Josué Barrera-Redondo, Enrique Ibarra-Laclette, David S. Guttman, Luis E. Eguiarte, and Valeria Souza. 2020. Population genomics of Vibrionaceae isolated from an endangered oasis reveals local adaptation after an environmental perturbation. BMC Genomics 21:418, https://doi.org/10.1186/s12864-020-06829-y
  12. Ojeda, M., P. Velez , L. Espinosa-Asuar , L. E. Eguiarte y V. Souza. 2020. A new species of Trhypochthoniellus (Acari: Oribatida: Trhypochthoniidae) from Cuatro Ciénegas, Coahuila, México, and a key to the world species. Systematic & Applied Acarology 25(6): 974–985 (2020) https://doi.org/10.11158/saa.25.6.3.
  13. Jordan G. Okie, Amisha T. Poret-Peterson, Zarraz M.P. Lee  Alexander Richter, Luis D.  Alcaraz, Luis E. Eguiarte, Janet L. Siefert, Valeria Souza  Chris L. Dupont, James J. Elser. 2020. Genomic adaptations in information processing underpin trophic strategy in a whole-ecosystem nutrient experiment eLIFE, 2020;9:e49816. https://doi.org/10.7554/eLife.49816.
  14. Mandujano, María C., Irene Pisanty,  L. E. Eguiarte (eds.) Plant diversity and Ecology in the Chihuahuan desert: Emphasis on the Cuatro Ciénegas Basin.Vol. 4. Cuatro Ciénegas Basin: An endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG. Cham, Switzerland, 19 chapters.  ISBN 978-3-030-44962-9.
  15. Valeria Souza, Gabriela Olmedo-Alvarez y Luis E. Eguiarte. 2019. Cuatrociénegas: un oasis en peligro de extinción. Pp. 64-68. En R. B. Primack y Omar Vida. Introducción a la biología de la conservación. Fondo de Cultura Económica. Ciudad de México, Mexico,  ISBN: 978-607-16-6411-2. 613 páginas 
  16. Valeria Souza, Eria Rebollar, Germán Bonilla-Rosso, Laura Espinosa-Asuar, Nguyen E. López Lozano, Morena Avitia, Andréa González y Luis E. Eguiarte. 2019 ¿Porqué hay tantas especies de microbios? En Francisco Javier Álvarez Sánchez, Pilar Rodríguez Guzmán y Alejandro Alarcón (Coordinadores). Biodiversidad de Microorganismos de México. Importancia, Aplicación y Conservación. 1a. Ed. Electrónica. 2019. Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México. Págs. 9-32. ISBN 978-607-30-1596-7.
  17. Valerie De Anda, Icoquih Zapata-Peñasco, Jazmín Blaz,Augusto Cesar Poot-Hernández, Bruno Contreras Moreira, Marcos González Laffitte, Niza Gámez Tamariz, Maribel Hernández, Luis E. Eguiarte and Valeria Souza. 2018. Understanding the Mechanisms Behind the Response to Environmental Perturbation in Microbial Mats: A Metagenomic-Network Based Approach. Frontiers in Microbiology. 9: 2606. doi: 10.3389/fmicb.2018.02606.
  18. V. Souza, A. Moreno-Letelier, M. Travisano, L. D. Alcaraz, G. Olmedo-Alvarez, L. E. Eguiarte. 2018. The lost world of Cuatro Cienegas Basin, a relictual bacterial niche in a desert oasis. eLIFE 2081:e38278. DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.38278.
  19. Patricia Velez, Margarita Ojeda, Laura Espinosa-Asuar, Tila M. Pérez, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza. 2018. Experimental and molecular approximation to microbial niche: Trophic interactions among oribatid mites and microfungi in a freshwater oligotrophic system. PeerJ, 6:e5200. DOI 10.7717/peerj.5200
  20. Taboada B. , P. Isa, A.L. Gutiérrez-Escolano, R.M. del Ángel, J.E. Ludert, N. Vázquez, M.A. Tapia-Palacios, P. Chávez, E. Garrido, A.C. Espinosa, L.E. Eguiarte, S. López, V. Souza, and C.F. Arias. 2018. The Geographic Structure of Viruses in the Cuatro Ciénegas Basin, a Unique Oasis in Northern Mexico, Reveals a Highly Diverse Population on a Small Geographic Scale  Applied and Environmental Microbiology. doi: 10.1128/AEM.00465-18.
  21. Valeria Souza, Luis E. Eguiarte, James J. Elser, Michael Travisano and Gabriela Olmedo-Alvarez. (2018) A Microbial Saga: How to Study an Unexpected Hot Spot of Microbial Biodiversity from Scratch? A Short Introduction to Bacterial Studies in Cuatro Ciénegas. En V. Souza, G. Olmedo-Alvarez, L. E. Eguiarte (eds.), Cuatro Ciénegas Ecology, Natural History and Microbiology, Vol. 1. Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG, Págs. 1-20. 134 pages. ISBN 978-3-319-93422-8, https://doi.org/10.1007/978-3-319-93423-5_1
  22. Valeria Souza and Luis E. Eguiarte (2018) In the Beginning, There Was Fire: Cuatro  Ciénegas Basin (CCB) and the Long History  of Life on Earth. En V. Souza, G. Olmedo-Alvarez, L. Eguiarte (eds.), Cuatro Ciénegas Ecology, Natural History and Microbiology, Vol. 1. Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG, Págs. 21-34. 134 pages. ISBN 978-3-319-93422-8, https://doi.org/10.1007/978-3-319-93423-5_2
  23. P. Isa, B. Taboada, A. L. Gutiérrez, P. Chávez, R. M. del Angel, J. E. Ludert,  A. C. Espinosa, L. E. Eguiarte, E. Garrido, S. López, V. Souza, and C. F. Arias (2018) Hyperdiverse Viral Communities in an Oligotrophic Oasis (Cuatro Ciénegas):  Marine Affinities and Microgeographic Differentiation. En V. Souza, G. Olmedo-Alvarez, L. Eguiarte (eds.), Cuatro Ciénegas Ecology, Natural History and Microbiology, Vol. 1. Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG, Págs. 43-56. 134 pages. ISBN 978-3-319-93422-8,  https ://doi.org/10.1007/978-3-319-93423-5_4
  24. Zulema Gomez-Lunar, Mirna Vázquez-Rosas-Landa, Gabriel Yaxal Ponce-  Soto, Alejandra Moreno-Letelier, Gabriela Olmedo-Alvarez, Luis E. Eguiarte and Valeria Souza (2018) How Divergent Is the Cuatro Ciénegas Oasis? Genomic Studies of Microbial Populations  and Niche Differentiation. En V. Souza, G. Olmedo-Alvarez, L. Eguiarte (eds.), Cuatro Ciénegas Ecology, Natural History and Microbiology, Vol. 1. Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG, Págs. 57-72. 134 pages. ISBN 978-3-319-93422-8, https ://doi.org/10.1007/978-3-319-93423-5_5
  25. Patricia Vélez, Laura Espinosa-Asuar, Michael Travisano, Luis E. Eguiarte, and Valeria Souza (2018) The Niche at the Edge of Life or the Microbial Ecology (Including Microfungi) of Cuatro Ciénegas: Mutualisms with Locals, Antagonisms Against Foreigners . En V. Souza, G. Olmedo-Alvarez, L. Eguiarte (eds.), Cuatro Ciénegas Ecology, Natural History and Microbiology, Vol. 1. Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG, Págs. 73-82. 134 pages. ISBN 978-3-319-93422-8,  https://doi.org/10.1007/978-3-319-93423-5_6
  26. Nguyen E. López-Lozano, Silvia Pajares, Ana E. Escalante, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza, and Gabriela Olmedo-Alvarez (2018) Microcosms and Mesocosms: A Way to Test the Resilience of Microbial Communities in Cuatro Ciénegas. En V. Souza, G. Olmedo-Alvarez, L. Eguiarte (eds.), Cuatro Ciénegas Ecology, Natural History and Microbiology, Vol. 1. Cuatro Ciénegas Basin: an endangered hyperdiverse oasis. Springer International Publishing AG, Cham, Switzerland, Págs. 83-102. 134 pages. ISBN 978-3-319-93422-8, https://doi.org/10.1007/978-3-319-93423-5_7
  27. Yunuen Tapia-Torres, Patricia Vélez, Felipe García-Oliva, Luis E. Eguiarte, and Valeria Souza (2018) The Effect of Nutrient Availability on the Ecological Role of Filamentous Microfungi: Lessons from Elemental Stoichiometry,  in Felipe García-Oliva, James Elser,  Valeria Souza, Editors. Ecosystem Ecology and Geochemistry of Cuatro Cienegas. How to Survive in an Extremely Oligotrophic Site. Springer International Publishing AG, Cham, Switzerland. ISBN 978-3-319-95854-5. Págs. 43-54. 167 páginas. https://doi.org/10.1007/978-3-319-95855-2_6.
  28. Valerie De Anda, Icoquih Zapata-Peñasco, Luis E. Eguiarte, and Valeria Souza. 2018. The Sulfur Cycle as the Gear of the “Clock of Life”: The Point of Convergence Between Geological and Genomic Data in the Cuatro Cienegas Basin. In Felipe García-Oliva, James Elser,  Valeria Souza, Editors. Ecosystem Ecology and Geochemistry of Cuatro Cienegas. How to Survive in an Extremely Oligotrophic Site. Springer International Publishing AG, Cham, Switzerland. ISBN 978-3-319-95854-5. Págs. 67-84. 167 páginas. https://doi.org/10.1007/978-3-319-95855-2_7
  29. Valerie De Anda, Icoquih Zapata-Peñasco, Luis E. Eguiarte, and Valeria Souza (2018) Toward a Comprehensive Understanding of Environmental Perturbations in Microbial Mats from the Cuatro Cienegas Basin by Network Inference. In Felipe García-Oliva, James Elser,  Valeria Souza, Editors. Ecosystem Ecology and Geochemistry of Cuatro Cienegas. How to Survive in an Extremely Oligotrophic Site. Springer International Publishing AG, Cham, Switzerland. ISBN 978-3-319-95854-5. Págs. 85-98. 167 páginas.
  30. Jorge Valdivia-Anistro,  Luis E. Eguiarte, Valeria Souza (2018) Ecological Adaptability of Bacillus to Extreme Oligotrophy in the Cuatro Cienegas Basin. In Felipe García-Oliva, James Elser,  Valeria Souza, Editors. Ecosystem Ecology and Geochemistry of Cuatro Cienegas. How to Survive in an Extremely Oligotrophic Site. Springer International Publishing AG, Cham, Switzerland. ISBN 978-3-319-95854-5. Págs. 109-122. 167 páginas. https://doi.org/10.1007/978-3-319-95855-2_9.
  31. Valeria Souza, Gabriela Olmedo Alvarez y Luis E. Eguiarte (2018)  Genómica ambiental y metagenómica para describir la diversidad microbiana en Cuatro Ciénegas. En La biodiversidad en Coahuila. Estudio de Estado, Vol. II. Conabio/Gobierno del Estado de Coahuila de Zaragoza, México. ISBN 978-607-8570-00-3. Págs. 473-477. 541 páginas.
  32. Valeria Souza, Gabriela Olmedo Alvarez y Luis E. Eguiarte (2018) Diversidad genética microbiana en Cuatro Ciénegas. En La biodiversidad en Coahuila. Estudio de Estado, Vol. II. Conabio/Gobierno del Estado de Coahuila de Zaragoza, México. ISBN 978-607-8570-00-3. Págs. 467-472. 541 páginas
  33. Valerie De Anda, Icoquih Zapata-Peñasco, Augusto Cesar Poot-Hernandez, Bruno Contreras-Moreira, Luis E. Eguiarte and Valeria Souza. 2017. MEBS, a software platform to evaluate large (meta)genomic collections according to their metabolic machinery: unraveling the sulfur cycle. GigaScience 6 (11) 1 November 2017: 1–17, https://doi.org/10.1093/gigascience/gix096. 
  34. Vazquez-Rosas-Landa, Mirna; Ponce-Soto, Gabriel; Eguiarte, Luis; Souza, Valeria. 2017. Comparative genomics of free-living Gamma-Proteobacteria. Pathogenesis-related genes or interaction-related genes? Pathogens and Disease 75: ftx059, 1-12.  DOI: https://doi.org/10.1093/femspd/ftx059.
  35. Zarraz M.-P. Lee, Amisha T. Poret-Peterson, Janet L. Siefert, Drishti Kaulf, Ahmed Moustafa, Andrew E. Allen, Chris L. Dupont, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza, and James J. Elser. 2017. Nutrient stoichiometry shapes microbial community structure in shallow evaporictic pond. Frontiers in Microbiology. 8:949, 1-15. doi: 10.3389/fmicb.2017.00949,
  36. Héctor Fernando Arocha-Garza, Ricardo Canales-delCastillo, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza, Susana De la Torre-Zavala.. 2017. High diversity and suggested endemicity of culturable Actinobacteria in an extremely oligotrophic desert oasis. PeerJ 5:e3247: 1-21. DOI 10.7717/peerj.3247.
  37. Valeria Souza, Luis Eguiarte, Jim Elser, Gabriela Olmedo-Alvarez, Janet L. Siefert, Michael Travisano (2017) Can We Save the World? Lessons from an Endangered Microbial Oasis in the Chihuahuan Desert. En Nuria Sanz, editora. Futuro sostenible de la vida en el desierto. UNESCO, Gobierno del Estado de Coahuila México. Ciudad de México. ISBN: 978-607-9376-47-5. Págs. 191-203. 281 págs.
  38. 40) Gabriela Olmedo-Alvarez, Valeria Souza, Luis E. Eguiarte, Silvia Pajares, Felipe García-Oliva, Yunuen Tapia-Torres (2017) Cuatro Ciénegas, example of Non-Sustainable Agriculture. En Nuria Sanz, editora. Futuro sostenible de la vida en el desierto. UNESCO, Gobierno del Estado de Coahuila México. Ciudad de México. ISBN: 978-607-9376-47-5. Págs. 261-273. 281 págs.
  39. Valeria Souza y Luis E. Eguiarte (2017) Bacterias, estromatolitos y tapetes microbianos de Cuatro Ciénegas: un oasis donde se guardó el pasado de la Tierra. En: Cuatro Ciénegas y su estado de conservación a través de sus peces. Mauricio de la Maza Benignos, editor. PRONATURA Noreste. Monterrey, N.L., México. ISBN: 978-607-96611-1-3. Pp 26- 31. 167 páginas.
  40. Silvia Pajares, Ana E. Escalante, Ana M. Noguez, Felipe García-Oliva, Celeste Martínez-Piedragil, Silke S. Cram, Luis Enrique Eguiarte and Valeria Souza. 2016, Spatial heterogeneity of physicochemical properties explains differences in microbial composition in arid soils from Cuatro Cienegas, Mexico. PeerJ 4:e2459; DOI 10.7717/peerj.2459.
  41. Patricia Velez, Jaime Gasca-Pineda, Edmundo Rosique-Gil, Luis E Eguiarte, Laura Espinosa-Asuar, Valeria Souza. 2016. Microfungal oasis in an oligotrophic desert: diversity patterns and community structure in three freshwater systems of Cuatro Ciénegas. PeerJ 4: e2064 . DOI 10.7717/peerj.2064
  42. Valdivia-Anistro, J. A., Eguiarte, L.E. , Delgado, G. , Márquez, P., Gasca-Pineda, J., Learned, J., Olmedo, G., Elser, J.J. and Souza, V. 2016. Variability of rRNA operon copy number and growth rate dynamics of Bacillus isolated from an extremely oligotrophic aquatic ecosystem. Frontiers in Microbiology. 6: 1486. doi: 10.3389/fmicb.2015.01486.
  43. Espinosa-Asuar, L., Escalante A.E., Gasca-Pineda J., Blaz J., Peña L., Eguiarte L.E., Souza V. 2015. Aquatic bacterial assemblage structure in Pozas Azules, Cuatro Ciénegas Basin, Mexico: Deterministic vs. stochastic processes. 2015. International Microbiology 18:105-115. doi:10.2436/20.1501.01.240.
  44. Eneas Aguirre-Von-Wobeser, Luis Enrique Eguiarte, Valeria Souza and Gloria Soberón-Chávez. 2015.  Theoretical analysis of the cost of antagonistic activity for aquatic bacteria in oligotrophic environments. Frontiers in Microbiology Volume 6, Article 490, 1-8. 6:490. doi:10.3389/fmicb.2015.00490
  45. Gabriel Yaxal Ponce-Soto, Eneas Aguirre-von-Wobeser, Luis E. Eguiarte, James J. Elser, Zarraz M.P. Lee and Valeria Souza. 2015. Enrichment experiment changes microbial interactions in an ultra-oligotrophic environment. Frontiers in Microbiology Volume 6, Article 246, págs 1-12. doi: 10.3389/fmicb.2015.00246.
  46. Silvia Pajares, Valeria Souza y Luis E. Eguiarte. 2015. Multivariate and phylogenetic analyses to assess the response of bacterial mat communities from an ancient aquatic ecosystem to different scenarios of climate change. Plos One 10(3): Article Number: E0119741, DOI: 10.1371/journal.pone.0119741.
  47. Valeria Souza, Silvia Pajares y Luís E. Eguiarte (2014) Ecología y evolución de bacterias, tapetes microbianos y estromatolitos: su relevancia en la historia de la vida en la Tierra. págs.107-126.  En González Zuarth, C. A.,  A. Vallarino, J. C. Pérez Jiménez y A. M. Low Pfeng (eds.). Bioindicadores:  guardianes de nuestro futuro ambiental. Instituto Nacional de Ecología  y Cambio Climático (INECC) -  El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR). México. 779 págs. ISBN 978-607-8429-05-9.  
  48. Germán Bonilla Rosso, Luis E. Eguiarte y Valeria Souza (2014) Fuctional and taxonomic diversity of the nitrogen cycling guild in the Sargasso sea metagenome, pages 153-173. En Diana Marco (Ed.). Metagenomics of the microbial nitrogen cycle. Caister Academic Press. UK. ISBN: 978-1-908230-48-5, Pages: xiv + 268.
  49. Morena Avitia, Ana E. Escalante, Eria A. Rebollar, Alejandra Moreno-Letelier, Luis E. Eguiarte y Valeria Souza. 2014. Population expansions shared among coexisting bacterial lineages are revealed by genetic evidence. Peer J.  2:e696; DOI 10.7717/peerj.696,
  50. Eneas Aguirre-von-Wobeser, Gloria Soberón-Chávez, Luis E. Eguiarte, Gabriel Yaxal Ponce-Soto, Mirna Vázquez-Rosas-Landa y Valeria Souza. 2014. Two-role model of an interaction network of free-living γ-proteobacteria from an oligotrophic environment. Environmental Microbiology 16(5): 1366–1377. DOI: 10.1111/1462-2920.12305.
  51. Pajares, Silvia; Bonilla-Rosso, German; Eguiarte, Luis; Souza, Valeria. 2013. Drastic changes in aquatic bacterial populations from the Cuatro Cienegas basin (Mexico) in response to long-term environmental stress. Antonie van Leeuwenhoek, International Journal of General and Molecular Microbiology. 104:1159–1175.  DOI 10.1007/s10482-013-0038-7.
  52. Nguyen E. López-Lozano, Karla B. Heidelberg, William C. Nelson, Felipe García-Oliva, Luis E. Eguiarte y Valeria Souza. 2013. Microbial secondary succession in soil microcosms of a desert oasis in the Cuatro Cienegas Basin, Mexico. PeerJ 1:e47; DOI 10.7717/peerj.47.
  53. Rocio-Anais Pérez-Gutiérrez, Varinia Lçopez-Ramirez, Africa Islas, Luis David Alcaraz, Ismael Hernandez-González, Beatriz Carely Luna Olivera, Moisés Santillán, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza, Michael Travisano and Gabriela Olmedo-Alvarez. 2013. Antagonism influences assembly of a Bacillus guild in a local community and is depicted as a food-chain network. ISME Journal. 7 (3): 487-497 doi:10.1038/ismej.2012.119
  54. Alejandra Rodriguez-Verdugo, Valeria Souza, Luis E. Eguiarte and Ana Elena Escalante. 2012. Diversity across seasons of culturable Pseudomonas from a desiccation lagoon in Cuatro Cienegas, Mexico. International Journal of Micorbiology. Volume 2012, Article ID 201389, 10  9 paginas. doi:10.1155/2012/201389.
  55. Valeria Souza, Janet Siefert, Ana E. Escalante, James J. Elser y Luis E. Eguiarte. 2012. The Cuatro Cienegas Basin in Coahuila, Mexico: an astrobiological Precambrian park. Astrobiology. 12 (7), 641-647 doi:10.1089/ast.2011.0675-
  56. Alejandra Moreno-Letelier, Gabriela Olmedo, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza. 2012. Divergence and phylogeny of Firmicutes from the Cuatro Cienegas Basin, Mexico: a window to an ancient ocean. Astrobiology 2 (7), 674-684 DOI: 10.1089/ast.2011.0685
  57. López-Lozano, N. E., Eguiarte L. E., Bonilla, G., García-Oliva F., Martinez-Piedragil, C., Rooks, C. and Souza V. 2012.Bacteria communities and nitrogen cycle in the gypsum soil in Cuatro Cienegas Basin, Coahuila: A Mars analogue. Astrobiology12 (7), 699-709 DOI: 10.1089/ast.2012.0840
  58. Valeria Souza, Mike Travisano, James Elser, Christine Rooks and Luis E. Eguiarte. 2012. Travel, Sex, and Food: What's Speciation Got to Do with It? Astrobiology. 12 (7), 634-640 DOI: 10.1089/ast.2011.0768.
  59. Mariana Peimbert, Luis David Alcaraz, Ismael Hernandez, Gabriela Olmedo, Felipe García-Oliva, Lorenzo Segovia, Germán Bonilla, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza. 2012.  Comparative metagenomics of two microbial mats at Cuatro Cienegas Basin I: Ancient lesson on how to cope in an environment under severe environmental stress. Astrobiology. 12 (7), 648-658. DOI: 10.1089/ast.2011.0694.
  60. Bonilla-Rosso G, Peimbert M, Alcaraz LD, Hernandez I, Eguiarte LE, Olmedo-Alvarez G y Souza V. 2012. Comparative metagenomics of two microbial mats at Cuatro Ciénegas Basin II: Community Structure and Composition in Oligotrophic Environments. Astrobiology 12 (7), 659-673 DOI: 10.1089/ast.2011.0724.
  61. Janet L. Siefert, Valeria Souza, Luis E. Eguiarte, Gabriela Olmedo. Microbial Stowaways: Inimitable Survivors or Hopeless Pioneers? 2012. Astrobiology 12 (7), 710-715 DOI: 10.1089/ast.2012.0833.
  62. Eria A Rebollar,  Morena Avitia, Luis E. Eguiarte, Lucy Mora, Andrea Gonzalez-Gonzalez, German Bonilla-Rosso and Valeria Souza. 2012. Water-sediment niche differentiation in ancient marine lineages of Exiguobacterium endemic to the Cuatro Cienegas Basin. Environmental Microbiology. 14 (9): 2323-2333. doi:10.1111/j.1462-2920.2012.02784.x
  63. Bonilla-Rosso, German; Eguiarte, Luis E.; Romero, David; Travisano, Mike; Souza, Valeria. 2012 Understanding microbial community diversity metrics derived from metagenomes: performance evaluation using simulated data sets. FEMS Microbiology Ecology 82 (1): 37-49 DOI: 10.1111/j.1574-6941.2012.01405.x
  64. Silvia Pajares, German Bonilla-Rosso, Michael Travisano, Luis. E. Eguiarte and Valeria Souza. 2012. Mesocosms of aquatic bacterial communities from the Cuatro Cienegas basin (Mexico): a tool to test bacterial community response to environmental stress. Microbial Ecology 64 (2): 346-358. DOI: 10.1007/s00248-012-0045-7.
  65. Moreno-Letelier, Alejandra, Gabriela Olmedo, Luis Enrique Eguiarte, Leon Martínez-Castilla y Valeria Souza. 2011. Parallel evolution and horizontal gene transfer of the pst operon in Bacillus from oligotrophic environments. International Journal of Evolutionary Biology. Article ID 781642, http://www.sage-hindawi.com/journals/ijeb/aip.781642.html.
  66. Cerritos, René, Luis E. Eguiarte, Morena Avitia-Cao, Janet Siefert, Michael Travisano, Alejandra Rodríguez-Verdugo y Valeria Souza.  2011. Diversity of culturable thermo-resistant aquatic bacteria along an environmental gradient in Cuatro Ciénegas, Coahuila, México. Antonie van Leeuwenhoek, International Journal of General and Molecular Microbiology. 99(2): 303–318. DOI 10.1007/s10482-010-9490-9.
  67. Alcaraz, Luis David, Gabriel Moreno-Hagelsieb, Luis E Eguiarte, Valeria Souza, Luis Herrera-Estrella y Gabriela Olmedo. 2010. Understanding the evolutionary relationships and major traits of Bacillus through comparative genomics. BMC Genomics 11:332, doi:10.1186/1471-2164-11-332.
  68. Souza, V., L. E. Eguiarte, J. Siefert y J. J. Elser. 2008. Microbial endemism: does extreme nutrient limitation enhance speciation? Nature Reviews Microbiology. 6: 559-564 Impacto 17.644.
  69. Escalante, A., L. E. Eguiarte, L. Espinosa-Asuar, L. J. Forney, A. Noguez, y V. Souza. 2008. Diversity of aquatic prokaryotic communities in the Cuatro Cienegas basin, Fems Microbiology Ecology 65: 50-60.
  70. Alcaraz L. D., G. Olmedo, G. Bonilla, R. Cerritos, G. Hernández, A. Cruz, E. Ramírez, C. Putonti, B. Jiménez, E. Martínez, V. López, J. L. Arvizu, F. Ayala, F. Razo, J. Caballero, J. Siefert, L. Eguiarte, J.-P. Vielle, O. Martínez, V. Souza, A. Herrera-Estrella, L. Herrera-Estrella. 2008. The genome of Bacillus coahuilensis reveals adaptations essential for survival in the relic of an ancient marine environment. PNAS 105: 5803–5808.
  71. Cerritos R. , P. Vinuesa, L. E. Eguiarte, L. Herrera-Estrella, L. D. Alcaraz-Peraza, J. L. Arvizu-Gómez, G. Olmedo, E. Ramirez, J. Siefert y V. Souza (2008) Bacillus coahuilensis sp. nov. a moderately halophilic species from a desiccation lagoon in the Cuatro Ciénegas Valley in Coahuila, México. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology IJSEM.
  72. Falcón, L.I., R. Cerritos, L. E. Eguiarte,  V. Souza (2007) Nitrogen Fixation in Microbial Mat and Stromatolite Consortia from Cuatro Cienegas, Mexico. Microbial Ecology. 54 (2) 363-373.
  73. Souza V., L. Espinosa-Asuar, A. E. Escalante, L. E. Eguiarte, J. Farmer, L. Forney, L. Lloret, J. M. Rodríguez Martínez, X. Soberón, R. Dirzo y J. J. Elser (2006) An endangered oasis of aquatic microbial biodiversity in the Chihuahuan desert PNAS 103: 6565-6570.
  74. Souza, V. A. Escalante, A. Noguez, L. Espinosa, R. Cerritos y L.E.Eguiarte (2005) La Ecologia microbiana: una nueva ciencia para un nuevo siglo. I. Rosas, A. Cravioto y E. Ezcurra, compiladores  Microbiología ambiental. Semarnat, INE y PUMA- UNAM, México, D.F., México. ISBN 968-817-707-5. Págs. 107-134.
  75. Elser, J.J., J. H. Schampel, F. García-Pichel, B.D. Wade, V. Souza, L. Eguiarte, A. Escalante y J.K. Farmer (2005). Effect of phosphorus enrichment and grazing snails on modern stromatolitic microbial communities. Freshwater biology 50: 1808-1825.
  76. Carson Evan, Tom Dowling, Luis E. Eguiarte, Jim Elser, Ana Escalante,  Jack Farmer, Ferran García-Pichel, Peter Roopnarine, Valeria Souza, Carol Tang y Brian Wade (2004) Un laboratorio vivo para el estudio de las biosfera actual y del pasado. En G. Badino, T. Bernabei, A. de Vivo, I. Giulivo y G. Savino, coordinadores. Bajo el desierto: el misterio de las aguas de Cuatro Ciénegas. La Venta, Instituto Coahuilense de Ecología, Edizioni Tintoreto, Treviso, Italia. 

 

 

 

 

 

Estudiantes activos o recientes en el laboratorio de Evolución Molecular y Experimental.

Agave

Ofelia Abigail Jiménez Barrón. Filogenia y diversificación del género Agave (Asparagaceae: Agavoideae). Doctorado, programa Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Inició 2017. Candidatura aprobada en 2018. Ya tiene el artículo requisito:

Ofelia Jiménez-Barrón, Ricardo García-Sandoval, Susana Magallón, Abisaí García-Mendoza, Jorge Nieto-Sotelo, Erika Aguirre-Planter and Luis E. Eguiarte. 2020. Phylogeny, diversification rate, and divergence time of Agave sensu lato (Asparagaceae), a group of recent origin in process of diversification. Frontiers in Plant Science 11:536135. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.536135/full

Karen Yazmín Ruiz Mondragón. Genómica evolutiva y de la conservación en especies de Agave mezcalero. Doctorado, posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Aceptada agosto 2020. Inicio 21 septiembre 2020.  Candidatura aprobada primer semestre 2022. Es coautoa del artículo Anastasia Klimova, Karen Y. Ruiz Mondragón, Francisco Molina Freaner, Erika Aguirre-Planter and Luis E. Eguiarte (2022) Genomic analyses of wild and cultivated bacanora agave (Agave angustifolia var. pacifica) reveal inbreeding, few signs of cul-tivation history and shallow population structure. Plants 11: 1426: 1-20 https://doi.org/10.3390/plants11111426

Irene Martínez Velasco. Recursos genéticos y conservación de agaves utilizados en la producción de mezcal en el sur de México. Doctorado, posgrado en Ciencias Biológicas, UNAM present examen de admisión 2022, resutlados pendientes.

Sechium, los chayotes

Cécile Truchot Taillefer. Diversidad y estructura genética de las poblaciones silvestres y domesticadas del chayote (Sechium spp.) en México. Doctorado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inicio 31 de enero, 2022.

Cucurbita, las calabazas

Emanuel Villafán de la Torre. Genómica evolutiva de las calabazas (género Cucurbita). Doctorado, programa Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Aceptado 24 de agosto 2020. Inició 21 septiembre 2020.

Fernando Tapia Aguirre. Filogeografía y genética de poblaciones de Cucurbita argyrosperma ssp. sororia. Tesis de Licenciatura.  Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM. Codirección con Helena S. Hernández Rosales. Examen 30 de junio 2021.

Guillermo Sánchez de la Vega. Análisis de la diversidad genética de Cucurbita argyrosperma K. Koch (Cucurbitaceae) en México. Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Inició 2013. Candidatura abril 2015. Para recibirse en el 2022 (ya tiene todo listo).

Ya tiene los siguientes artículos publicados:

Guillermo Sanchez de la Vega, Gabriela Castellanos-Morales, Niza Gámez, Helena S. Hernández-Rosales, Alejandra Vázquez-Lobo, Erika Aguirre-Planter, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2018. Genetic resources in the “calabaza pipiana” pumpkin (Cucurbita argyrosperma) in Mexico: Genetic diversity, genetic differentiation and distribution models. Frontiers in Plant Science. 9: 400. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00400/full

Josué Barrera-Redondo, Guillermo Sánchez-de la Vega, Jonás A. Aguirre-Liguori, Gabriela Castellanos-Morales, Yocelyn T. Gutiérrez-Guerrero, Xitlali Aguirre-Dugua, Salvador Montes-Hernández, Erika Aguirre-Planter, Maud Tenaillon, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2021 The domestication of Cucurbita argyrosperma as revealed by the genome of its wild relative. Horticulture Research 8:109.

https://doi.org/10.1038/s41438-021-00544-9

Helena Socorro Hernández Rosales. Genética de poblaciones y filogeografía de Cucurbita moschata Duchesne ex Lam. Duchesne ex Poir. (Cucurbitaceae) en México. Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inició 2014. Candidatura aprobada abril 2016. Examen 6 de agosto 2021. Mención honorífica.

Su artículo requisito fue: Helena S. Hernández-Rosales, Gabriela Castellanos-Morales, Guillermo Sánchez de la Vega, Erika Aguirre-Planter, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2020.  Phylogeographic and population genetic analyses of Cucurbita moschata reveal a domestication in Mesoamerica and divergence of two mitochondrial linages linked to an elevational gradient. American Journal of Botany.107(3): 1–16.

https://bsapubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ajb2.1424

Josué Barrera Redondo. Genómica comparada de la domesticación en Cucurbita argyrosperma. Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inició agosto 2015. Candidatura aprobada 2017. Examen 25 de septiembre, 2020. Mención honorífica.

Publicó varios artículos:
Josué Barrera-Redondo, Enrique Ibarra-Laclette, Alejandra Vázquez-Lobo, Yocelyn T. Gutierrez-Guerrero, Guillermo Sánchez de la Vega, Daniel Piñero, Salvador Montes-Hernández, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte.  2019. The genome of Cucurbita argyrosperma (silver-seed gourd) reveals faster rates of protein-coding gene and long noncoding RNA turnover and neofunctionalization within Cucurbita. Molecular Plant, https://doi.org/10.1016/j.molp.2018.12.023.

Josué Barrera-Redondo, Guillermo Sánchez-de la Vega, Jonás A. Aguirre-Liguori, Gabriela Castellanos-Morales, Yocelyn T. Gutiérrez-Guerrero, Xitlali Aguirre-Dugua, Salvador Montes-Hernández, Erika Aguirre-Planter, Maud Tenaillon, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2021 The domestication of Cucurbita argyrosperma as revealed by the genome of its wild relative. Horticulture Research 8:109.

https://doi.org/10.1038/s41438-021-00544-9

Josué Barrera-Redondo, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte. 2020.  The shapes of gourds and tendrils: How the Cucurbitaceae diversity, molecular and morphological novelties evolved via whole-genome duplications. Molecular Plant 13: 1108-1110 https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.06.012

Josué Barrera-Redondo, Daniel Piñero and Luis E. Eguiarte. 2020. Genomic, transcriptomic and epigenomic tools to study the domestication of plants and animals: a field guide for beginners. Frontiers in Genetics 11:742.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00742/full

Leptonycteris y colibríes:

Yocelyn Teresa Gutiérrez Guerrero. Genómica evolutiva de murciélagos, con énfasis en la familia Phyllostomidae. Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inició 2015. Candidatura aprobada 2017. Premio Bernardo Villa 2019 de la North American Symposium on Bat Research, NASBR, al mejor proyecto de investigación en murciélagos por estudiantes en México. https://www.nasbr.org/villa/ Examen 29 de enero 2021. Mención honorífica.

Su artículo requisito fue:

Yocelyn T. Gutiérrez-Guerrero, Enrique Ibarra-Laclette, Josué Barrera-Redondo, Jorge Ortega, Eria A. Rebollar, Carlos Martínez del Río, Livia León-Paniagua, Araxi O. Urrutia and Luis E. Eguiarte. 2020. Genomic evidence of dietary diversification and nectarivory convergent evolution in Leaf-nosed bats. Gigascience. 9 :1-14.

https://academic.oup.com/gigascience/article/9/6/giaa059/5854408?login=true

Ana Paula Durán Suárez del Real. Genómica evolutiva de la nectarivoría en la familia Trochilidae (colibríes). Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inició 2018. Candidatura aprobada, 17 de marzo 2020.

Sebastián Alfredo Hernández Santillán. Evolución genómica y señales adaptativas del género Leptonycteris. Licenciatura en Ciencias de la Tierra. Facultad de Ciencias, UNAM. Codirección con Yocelyn Teresa Gutiérrez Guerrero. Inició en 2020.

Otros proyectos: teosinte, helechos arborescentes, especies exóticas:

Gabriel Merino Díaz. Patrones altitudinales de variación genética y morfológica en helechos arborescentes (Cyatheaceae). Doctorado programa Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Inició 2015. Candidatura aprobada 2016. Candidatura aprobada 2017.

Alejandra Gutiérrez Estrada. Estudios evolutivos de la mitocondria del teosintle (Zea mays ssp. parviglumis y Zea mays ssp. mexicana): genética de poblaciones, filogeografía y evolución molecular. Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inció 2012. Candidatura aprobada 2014.

Anaís Julieta Salomé Díaz. La fenología como indicadora de los efectos ecológicos de las especies exóticas sobre las nativas. Cotutoría con el Dr. Jordan K. Golubov F. Doctorado programa Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Inició 2019. Candidatura aprobada 2022.

Asociados posdoctorales

1) Fabián Vargas 1995. Proyecto Biología Evolutiva de la familia Agavaceae.

2) María del Carmen Mandujano 1995-1996. Proyecto Biología Evolutiva de la familia Agavaceae.

3) Sara V. Good, 2001-2002. Proyecto Filogenia y reloj molecular de la familia Agavaceae

4) Amanda Castillo 2007-2008. Proyecto Evolución y filogenia de Angiospermas, Sep-Conacyt.

5) César Abarca 2008-2009. Proyecto Evolución y filogenia de Angiospermas, Sep- Conacyt.

6) Norberto Martínez Méndez. 2009-2010. Proyecto El nicho ecológico y su relación con la variación genética, Conacyt.

7) Alejandra Vázquez Lobo Yurén. 2013: Genómica de poblaciones del teosinte. Proyecto Conacyt. Del 2014-2015. Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México Proyecto CONABIO.

8) Alejandra Moreno Letelier. 2014-2015. Genómica de poblaciones del teosinte. Proyecto Conacyt.

9) Jaime Gasca Pineda. 2015-2016. Genómica de poblaciones del teosinte. Proyecto Conacyt.

11) Gabriela Castellanos Morales. 2015-2017. Diversidad genética de las especies de Cucurbita en México Proyecto CONABIO, co-asesor con el Dr. Rafael Lira.

12) Eria Alaide Rebollar Caudillo. 2017-2018. Proyecto Conacyt Investigación en Fronteras de la Ciencia, Genómica de la Diversidad de Vertebrados Mexicanos 1: Leptonycteris y la evolución de la nectarivoría en murciélagos y aves.

13) Margaux-Allison Fustier. 2017. Genómica de poblaciones del teosinte. Proyecto Conacyt.

14) Ileana Nuri Flores Abreu. 2018-2019.  Proyecto Conacyt Investigación en Fronteras de la Ciencia, Genómica de la Diversidad de Vertebrados Mexicanos 1: Leptonycteris y la evolución de la nectarivoría en murciélagos y aves. Abril 2018 a octubre 2019.

15) Jonás Andrés Aguirre Liguori. Genómica de poblaciones del teosinte. Proyecto Conacyt. 2018 a 2019.

16) Enrique Scheinvar Gottdiener. Genómica y diversidad en Cucurbita en México. Proyecto CONABIO, co-asesor con el Dr. Rafael Lira. 2018 a 2019.

17) Xitlali Aguirre Dugua. Evolución molecular y diversidad en Cucurbita en México. Proyecto CONABIO, co-asesor con el Dr. Rafael Lira. 2018 a 2019.

18) Jaime Gasca Pineda. Genómica y diversidad en Cucurbita en México. Proyecto CONABIO, co-asesor con el Dr. Rafael Lira. 2019 a 2020.

19) Yuyini Licona Vera. Evolución de la nectarívora en aves y murciélagos: una perspectiva genómica. Becaria Estancias Postdoctorales por México Convocatoria 2020(1) el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT), inicio 12 septiembre 2020. Renovado segundo año septiembre 2021.

20) Anastasia Klimova. Genómica como instrumento para la conservación y el aprovechamiento sustentable de la biodiversidad mexicana: agaves mezcaleros, Becas Posdoctoral UNAM, inició 1 de septiembre de 2021,

Estudiantes de doctorado recibidos:

1) Silva, Arturo. 2001. Ecología reproductiva y genética de poblaciones de Agave lechuguilla (Torr.) en un gradiente latitudinal. Tesis de doctorado, Instituto de Ecología. Recibido el 30 de noviembre del 2001.

2) Golubov, Jordan. 2002. Dimorfismo en la producción de néctar: un acercamiento al proceso adaptativo de los caracteres florales. Tesis de doctorado, Facultad de Ciencias. Recibido el 5 de marzo del 2002.

3) Salvador Montes. 2002. Flujo génico en calabaza (Cucurbita spp.) dentro del sistema milpa en la parte central de México. Tesis de doctorado, Facultad de Ciencias. Recibido el 30 de agosto del 2002.

4) Aguirre Planter, Erika. 2005. Historia evolutiva de Abies guatemalensis, A. religiosa y A,. hickeli, especies con distribuciones y tamaños poblaciones contrastantes: estructura genética, flujo génico y conservación. Tesis de doctorado, Instituto de Ecología. Examen el 16 de marzo del 2005.

5) Valencia Avalos, Susana. 2005. Análisis filogenético de la serie Lanceolatae Trel. del género Quercus, Fagaceae. Tesis de doctorado, Posgrado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias. Examen el 11 de abril del 2005. (codirección con el Dr. Alfonso Delgado).

6) Rocha Munive, Martha Graciela. 2006. Ecología evolutiva comparada en cinco especies de Agave. Tesis de doctorado. Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM, D.F., México. Examen 8 de diciembre del 2006.

7) Jiménez Sierra, Cecilia Leonor 2008. Demografía y biología de Echinocactus platyacanthus Link et Otto, en el Valle de Tehuacán, Puebla. Tesis de doctorado, Facultad de Ciencias. Examen 15 de febrero 2008.

8) Sandra Luz Gómez Acevedo. 2010. Estudio comparativo de las tasas de diversificación de los subgéneros neotropicales de Acacia (Leguminosae: Mimosoideae) en México. Tesis de doctorado. Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Examen 10 de diciembre del 2010. Primer lugar área genética, concurso de tesis de posgrado, 2013, Sociedad Botánica de México, 24 de octubre, 2013.

9) Santiago Alejandro Ramírez Barahona. Genética de poblaciones y filogeografía de helechos arborescentes (Cyatheaceae). Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inició agosto 2009, candidatura aprobada el 15 de abril del 2011. Examen 23 de octubre del 2014, recibido con Mención Honorífica.

10) Jaime Gasca Pineda. Genética de la conservación del bisonte de la pradera (Bison bison bison) y del borrego cimarrón (Ovis canadensis) en México. Tesis de doctorado. Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Examen 17 de Marzo 2015. 

11) Gabriela Castellanos Morales. Filogeografía y genética de la conservación de dos especies de perros de las praderas de cola negra (Cynomys ludovicianus y Cynomys mexicanus) con distribución en México. Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Recibida 21 de septiembre de 2015. 

12) Jonás Andrés Aguirre Liguori. Genómica de poblaciones del maíz silvestre, el teocintle (Zea mays ssp. parviglumis y Zea mays ssp. mexicana). Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM.  Recibido 4 de diciembre del 2017, mención honorífica.

13) Marco Antonio Rodríguez Rodríguez. Genética de la conservación de artiodáctilos mexicanos. Posgrado en Ciencias Biomédicas. Inició enero 2009, candidatura aprobada el 28 de octubre del 2010. Recibido 31 de enero 2018.

14) Enrique Scheinvar Gottdiener. Filogeografía de Agave lechuguilla y patrones de distribución de Agave en México. Posgrado en Ciencias Biomédicas. Inicio junio 2008, candidatura aprobada el 20 de abril del 2010. Segundo lugar concurso de tesis de doctorado, Instituto de Ecología, UNAM, 2016. Recibido 8 de marzo del 2018.

15) Ricardo Colín Nuñez. Ecología evolutiva de dos especies invasoras de humedales en la república mexicana: Arundo donax y Phragmites australis (Poaceae).Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Recibido 2 de agosto, 2019.

16) Josué Barrera Redondo. Patrones macro y microevolutivos en calabazas (Cucurbita): ritmos de evolución genómica y patrones de genómica poblacional durante la domesticación Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inició 10 de agosto 2015. Candidatura aprobada 2017. Articulo publicado 2019. Examen 25 de septiembre, 2020. Mención honorífica.

17) Yocelyn Teresa Gutiérrez Guerrero. Genómica de la diversificación de las dietas y evolución de la nectarivoría en murciélagos Filostómidos. Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Inició 10 de agosto 2015. Candidatura aprobada 2017. Premio Bernardo Villa 2019 de la North American Symposium on Bat Research, NASBR, al mejor proyecto de investigación en murciélagos por estudiantes en México. Examen 29 de enero 2021. Mención honorífica.

18) Helena Socorro Hernández Rosales. Diversidad, recursos genéticos y genética de poblaciones en calabazas (Cucurbita), con énfasis en Cucurbita moschata Duchesne, Posgrado en Ciencias Biomédicas, UNAM. Aceptada 14 de mayo 2014, inició 4 agosto 2014. Candidatura aprobada 19 de abril 2016. Examen 6 de agosto 2021. Mención honorífica.

19) Guillermo Sánchez de la Vega. Análisis de la diversidad genética de Cucurbita argyrosperma K. Koch (Cucurbitaceae) en México. Posgrado de Ciencias Biológicas, UNAM. Inició 5 agosto 2013. Candidatura abril 2015. Para recibirse en 2021. Artículo publicado en la revista Frontiers in Plant Science en 2018. Tesis concluida en espera del examen.

Estudiantes de maestría recibidos:

1) Trejo Laura 2006. Genética de poblaciones de Agave striata Zucc. Maestría en Ciencias Biológicas (Biología Ambiental), Posgrado en Ciencias Biológicas. UNAM, D.F., México. Examen el 18 de septiembre del 2006, Mención honorífica.

2) Ileana Nuri Flores Abreu. 2007. Filogenia y coevolución entre las Agavaceae y sus polinizadores. Maestría en Ciencias Biológicas, UNAM.  Examen 1 de octubre del 2007.

3) Scheinvar, Gottdiener, Enrique. 2008. Genética de poblaciones silvestres y cultivadas de dos especies mezcaleras: Agave cupreata y Agave potatorum. Maestría en Ciencias Biológicas, UNAM. Examen el 4 de junio del 2008.

4) Arzate García, Karla María 2009: Distribución de cinco especies de Agave y su relación con algunos parámetros ambientales en Metztitlán, Hidalgo. Maestría en Ciencias Biológicas, UNAM. Recibida el 28 de mayo del 2009.

5) Roberto Emiliano Trejo Salazar. 2013. Tiempos de divergencia de la familia Phyllostomidae (Chiroptera): Origen de la nectarivoría. Maestría en Ciencias Biológicas, UNAM. Recibido 31 de mayo del 2013. Ganadora del Premio Bernardo Villa 2014.

6) Gabriel Merino Díaz. 2014. Genética de poblaciones de dos subespecies del maíz silvestre (Zea mays ssp mexicana y Zea mays ssp. parviglumis). Maestría en Ciencias Biológicas, UNAM. Examen 27 de octubre del 2014.

 Alumnos de licenciatura recibidos:

1) Pérez, J. Aspectos de Historia de natural y perspectivas de manejo de los pericos Amazona ochrocephala y A. virideginalis en el estado de Tamaulipas, Mex. Biólogo, Facultad de Ciencias, recibido en 1986.

2) Neira, L. Enfoque experimental para el estudio de los patrones de asignación en el género Phaseolus. Bióloga, Facultad de Ciencias, recibida en 1987 (dirigida junto con D. Piñero).

3) Rebón, M.F. Observaciones de frugivoría sobre un árbol neotropical y aspectos avifaunísticos en un bosque de niebla en Chiapas, México. Bióloga, Facultad de Ciencias, recibida en 1987.

4) Vargas, F. Determinación del tamaño efectivo en una población de Echeveria gibbiflora D.C. en el Pedregal de San Angel, C.U., México. Biólogo, Facultad de Ciencias, recibido en 1988.

5) Parra, V. Ecología de la polinización en una población de Echeveria gibbiflora DC en el Pedregal de San Angel, C.V., México. Biólogo, Facultad de Ciencias, recibido en 1988.

6) Hernández B. Hábitos alimenticios y descripción de las com­unidades de aves de bosque de encino y bosque de Juniperus en Ixcateopan, Guerrero. Bióloga, Facultad de Ciencias, recibida en 1990 (codirigida junto con A. Navarro).

7) Larson, J. Estudio demográfico de Echeveria gibbiflora DC. (Crasulaceae) en el Pedregal de San Angel. Biólogo, Facultad de Ciencias, recibido en 1992 (dirigida junto con C. Cordero).

8) Navarro Quezada, Aura Rocío. Estructura genética y procesos de especiación de Agave cerulata (Trel.) y Agave subsimplex (Trel.) en el desierto Sonorense a partir de RAPD's. Bióloga, Facultad de Ciencias, recibida el 3 de junio de 1999.

9) Cadaval Narezo, Alejandro. Estudio evolutivo de los azúcares del nectar de Agave lechuguilla en el desierto de Chihuahua. Bólogo, Facultad de Ciencias, recibido el 3 de junio de 1999 (dirigida junto con A. Silva).

10) González Chauvet, Rodrigo. Analsis de variación genética de Agave deserti en el desierto sonorense por medio de marcadores moleculares (RAPDs), Bólogo, Facultad de Ciencias recibido el 29 de febrero del 2000.

11) Tambuti, Marcia, Patrones de diversidad del género Agave en México: una síntesis para su conservación. Tesis de Licienciatura, Facultad de Ciencias, recibida el 12 de abril del 2002 (dirigida junto con Arturo Silva).

12) Aguirre Dugua, Xitlali. Genética de poblaciones de Agave potatorum y Agave cupreata: Aportaciones para el manejo y conservación de dos especies mezcaleras. Tesis de licienciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Recibida el 19 de marzo del 2004. Mención Honorífica.

13) González González, Andrea. Biología reproductiva y genética de poblaciones de Agave garciae-mendozae. Tesis de licenciatura. Codirección con Martha Rocha. Facultad de Ciencias, UNAM. Recibida el 23 de abril, 2004. Mención Honorífica.

14) Colín Nuñez, Ricardo. 2006. Análisis de la diversidad genética y estructura poblacional de Agave xylonacantha (Agavaceae) utilizando “Inter Simple Sequence Repeats” (ISSR) como marcador molecular. Tesis de Licenciatura, Biólogo Facultad de Ciencias, UNAM. Codirección con Martha Rocha. Recibido el 23 de junio del 2006.

15) Trejo, Roberto. 2007. Ecología de la polinización en el género Agave en la Barranca de Metztitlán. Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Examen 18 de septiembre del 2007. Codirección con Martha Rocha.

16) Huerta Chagoya, Alicia. 2007. Estructura genética de una población mestiza mexicana, con base en cinco marcadores nucleares y cinco mitocondriales. Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Examen 11 Octubre 2007. Codirección con Wendy Argelia García Suastegui.

17) Rodríguez Rodríguez Marco Antonio. 2008. Caracterización y análisis de la diversidad genética de borrego cimarrón (Ovis canadensis) en Sonora y BCS, México, con fines de manejo sustentable. FES Iztacala, UNAM.  Examen el 6 de junio del 2008. Codirección con Jaime Gasca.

18) Ochoa Hein, Alexander. 2008. Diversidad y estructura genética espacio-temporal de la ardilla terrestre de Perote (Spermophilus perotensis): Implicaciones para su conservación. Alumno del Taller de licenciatura. Recibido el 7 de noviembre del 2008.  Codirección con Jaime Gasca.  

19) Rives Guendulain Roxana Celeste. 2009.  Diversidad clonal y estructura genética espacial en escala fina de Agave striata Zucc. Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM.. Codirección con Enrique Scheinvar. Recibida 25 de agosto del 2009.

20) Ramírez Barahona, Santiago Alejandro. 2009. Variación genética y filogeografía de helechos arborescentes (Cyatheaceae) del Bosque Mesófilo de Montaña de las Sierra Madre Oriental. Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Recibido el 4 de Junio 2009.

21) Barceinas Cruz, Alicia. 2011. Genética de poblaciones de Furcraea parmentieri: estimaciones de variación y estructura genética usando ISSR’s. Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Alumna del Taller de licenciatura. Codirección con Erika Aguirre Planter. Examen 2 de diciembre 2011.

22) Aguirre Liguori, Jonás. 2012. Genética de poblaciones y filogeografía de Fouquieria shrevei (Familia Fouquieriaceae), especie gipsófila endémica de Coahuila.Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Alumno del Taller de licenciatura. Codirección con Enrique Scheinvar. Examen el 27 de febrero del 2012. Premio a la mejor tesis de licenciatura, Sociedad Científica Mexicana de Ecología, 22 de marzo 2013.

23) Torres Orozco Jiménez, Daniel. 2012.  Filogeografía y genética de la conservación del venado Bura (Odocoileus hemionus) en México. Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Alumno del Taller de licenciatura. Codirección con Marco Antonio Rodríguez. Examen 23 de agosto del 2012.

24) Martínez Aisworth, Natalia Elena. Genética de poblaciones de Agave stricta Salm.Dyck, especie endémica al Valle de Tehuacán-Cuicatlán, México. Tesis de licenciatura. Facultad de Ciencias, UNAM. Alumna del Taller de Licenciatura. Codirección con Enrique Scheinvar Gottdiener.  Examen 12 de junio del 2013. Mención honorifica en el concurso de mejor Tesis de Licenciatura "Carlos Chávez Solís", Facultad de Ciencias, UNAM.

25) Alberto Villasante Barahona. 2013. Diversidad y estructura genética del teocintle anual Zea mays ssp. parviglumis Iltis & Doebley y Zea mays ssp. mexicana (Schrader) Iltis, en un gradiente geográfico y ambiental. Tesis de licenciatura, Facultad de Ciencias, UNAM. Codirección con Jaime Gasca. Examen el 5 de diciembre del 2013.

26) Gutiérrez Guerrero Yocelyn Teresa, 2014. Efecto del cautiverio sobre la diversidad genética de una población de perrito de la pradera mexicano (Cynomys mexicanus). Codirección con Gabriela Castellanos. Tesis de licenciatura, Facultad de Ciencias, UNAM. Examen 9 de septiembre del 2014.

27) Josué Barrera Redondo. 2014. Factores morfológicos y ambientales asociados a los cambios en la tasa de sustitución en helechos. Tesis de licenciatura, Facultad de Ciencias, UNAM. Codirección con Santiago Ramírez Barahona. Examen 22 de septiembre del 2014.

28) Parra Leyva José Gilberto. 2015. Variación genética y diferenciación en poblaciones de Agave kerchovei Lem. usando marcadores de cloroplasto. Tesis de licenciatura, Facultad de Ciencias, UNAM. Codirección con Erika Aguirre Planter. Examen 17 de junio del 2015.

29) Leslie Mariel Paredes Torres. 2016.  Filogenia Molecular del Género Cucurbita L. (Cucurbitaceae) Usando Secuencias de Cloroplasto. Tesis de Licenciatura.  Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM. Codirección con Gabriela Castellanos Morales. Examen 2 de septiembre 2016.

30) Karen Yazmín Ruiz Mondragón. Filogeografía y diversidad genética en Cucurbita pepo L. 1753 en México. Tesis de licenciatura, Facultad de Ciencias, UNAM. Codirección con Gabriela Castellanos Morales. Examen 24 de mayo, 2017.

31) Fernando Tapia Aguirre. Filogeografía y genética de poblaciones de Cucurbita argyrosperma ssp. sororia. Tesis de Licenciatura.  Facultad de Estudios Superiores Iztacala, UNAM. Codirección con Helena S. Hernández Rosales. Examen 30 de junio 2021.