Líneas de Investigación

  • Genómica Ecológica de plantas
  • Genética de poblaciones, del paisaje y filogeografía de árboles forestales
  • Evolución molecular

DESCRIPCIÓN:
Buscamos entender los mecanismos genómicos y evolutivos que originan la diversidad biológica, desde la divergencia de las especies hasta la adaptación local entre poblaciones, y desde el nivel molecular hasta el fenotipo. Usando herramientas genómicas y bioinformáticas buscamos inferir parámetros cuantitativos, históricos, demográficos y medioambientales para entender la historia evolutiva de las especies y usarla para emitir recomendaciones de manejo y conservación.

PALABRAS CLAVE:
Adaptación, Genómica Ecológica, Ecología Urbana, Coníferas, Conservación, Evolución Molecular

PRINCIPALES COLABORADORES:

  • En la UNAM: Luis Eguiarte, Rafel Lira, Daniel Piñero, David Gernandt, Alejandra Moreno, Juan Núnez, Lev Jardón, Santiago Ramírez, Jorge Nieto, Ella Vázquez, María del Carmen Madujano, Julio Campo
  • En México: Christian Wehenkel (Universidad Juárez del Edo. de Durango), Alicia Mastretta-Yanes (CONACyT-CoNaBio), Alejandra Vázuez-Lobo (CIByC-UAEM), Cuahutemoc Saenz Romero (IIAF-Univ. Michoacana San Nicolás de Hidalgo), Andrés Lira-Noriega (Inst. Ecol. Xalapa), Antonio González-Rodríguez (IIES, Morelia)
  • En el extranjero: Jean Bousquet, Jean Beaulieu, Damase P. Khasa (Univ. Laval, Canadá); Christophe Plomion, Santiago C. González-Martínez, Myriam Heuertz (UMR INRA-Univ. Bordeaux); Delphine Grivet, Ricardo Alía (CIFOR-INIA, España); Beppe Vendramin (Istituto di Genetica Vegetale-CNR, Italia); Jill Wegrzyn (Univ. Connecticut)

Formación Académica

- Pregrado (licenciatura) en biología, Universidad de Los Andes, Bogotá, Colombia. 1993-1998
(Tesis: Estudio poblacional de los genes APOE, APOB (3’VNTR) y ACE en comunidades negras e indígenas de Colombia)

- Maestría en ciencias forestales, Université Laval, Québec, Canadá. 1999-2000
(Tesis: Diferencia en las fuerzas evolutivas que actúan sobre los caracteres cuantitativos, las allozimas y los marcadores ESTP en poblaciones de abeto blanco (Picea glauca) de Québec)

- Doctorado en ciencias forestales, Université Laval, Québec, Canadá. 2001-2004
(Tesis: Diversidad genética mitocondrial de Picea mariana: un análisis filogeográfico de su área de distribución y de la zona de contacto con P. rubens)

- Postdoctorado, Université Laval - UNAM. 2005-2008
(Proyecto de investigación: Filogeografía y evolución de los Abies mexicanos)

- Postdoctorado, CIFOR-INIA, Ministerio de Ciencia e Innovación Español, Madrid, España. 2008-2009 (Proyecto de investigación: Genómica ecológica de Pinus pinsater)

Experiencia profesonal

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Premios y Distinciones

Sistema Nacional de investigadores - Nivel II. A partir de enero de 2012

DGAPA-PRIDE - Nivel C. A partir de febrero de 2021

DGAPA-PASPA- Beca para estancia sabática en el extranjero. Agosto de 2017 a agosto de 2018

DGAPA-PAIPA - Nivel B. Octubre 2009 a abril 2011

DGAPA-PEII - Nivel B. Octubre 2009 a abril 2011

Beca Juan de la Cierva - Ministerio de Educación Español. 2008-2009

Beca de investigación (Fond de soutiens au doctorat) - Faculté de Foresterie et Géomatique, Université Laval. 2001-2004

Beca de excelencia - Ministère de l’Éducation du Québec. 1999-2003

- Filogeografía, y adaptación local de oyameles (Abies) --- Proyecto disponible para realizar tesis de maestría o doctorado.

- Evolución de la tolerancia a la contaminación atmosférica en Abies.

- Filogenia y metagenómica de coníferas --- Proyecto disponible para realizar tesis de maestría o doctorado.

- Evolución molecular del genoma mitocondrial de coníferas --- Proyecto disponible para realizar tesis de maestría.

Publicaciones selectas:

(para la lista completa ver perfil en loop.frontiers)

∴ Giles-Pérez G, Aguirre-Planter E, Eguiarte LE, Jaramillo-Correa JP. 2022. Demographic modelling helps tracking the rapid and recent divergence of a conifer species pair from central Mexico. Mol Ecol In press. https://doi.org/110.22541/au.162064326.66276060/v1.

∴ Arenas S, Cortés AJ, Mastretta-Yanes A, Jaramillo-Correa JP. 2021. Evaluating the accuracy of genomic prediction for the management and conservation of relictual natural tree populations. Tree Genet Genomes 17:12. https://doi.org/10.1007/s11295-020-01489-1.

Jaramillo-Correa JP, Bagnoli F, Grivet D, Fady B, Aravanopoulus FA Vendramin GG, González-Martínez SC. 2020. Evolutionary rate and genetic load in an emblematic Mediterranean tree following an ancient and prolonged population collapse. Mol Ecol 29:4797-4811. https://doi.org/10.1111/mec.15684.

Jaramillo-Correa JP, Grivet D, Lepoittevin C, Sebastiani F, Heuertz M, Garnier-Géré P, Alía R, Vendramin GG, Plomion C Gonzalez-Martinez SC. 2015. Molecular proxies of climate maladaptation in a long-lived tree. Genetics 199:793-807. Highlighted Article. Press Release. https://doi.org/10.1534/genetics.114.173252.

Jaramillo-Correa JP, Beaulieu J, Khasa DP, Bousquet J. 2009. Inferring the past from the present phylogeographic structure of North American Forest trees: seeing the forest for the genes. Can J Forest Res 39:286-307. Invited Review. https://doi.org/10.1139/X08-181.

Jaramillo-Correa JP, Bousquet J. 2005. Mitochondrial genome recombination in the zone of contact between two hybridizing conifers. Genetics 171:1951-1962. https://doi.org/10.1534/genetics.105.042770.

Doctorado

2020                 Verónica Reyes Galindo (codirección).   « Relación  entre  la  variación  epigenética,  la diversidad microbiana y la tolerancia a la contaminación ambiental en un bosque de Abies religiosa ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2018                 Gustavo I Giles Pérez. « Análisis de la arquitectura genómica de la adaptación local en las poblaciones de oyamel de la Faja Volcánica Transmexicana ». Posgrado en Ciencias biomédicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

20162021     Sebastián Arenas Jiménez. « Variación fenotípica y predicción genómica en Abies religiosa (Pinaceae) ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

20152020     Jorge Cruz Nicolás. « Una aproximación filogenética, morfológica, ecológica y genética para entender la dinámica evolutiva de oyameles mexicanos ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

20112014     Carmen Zulema Quiñones Pérez (codirección). « Mapeo de la diversidad genética de Picea chihuahuana Martínez ». Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales - Universidad Juárez del Estado de Durango, Durango.
 

 

Maestría

2022 –                 Edgar Castillo Soto. « Erosión y acumulación de carga genética entre clases de edades en un bosque de Abies religiosa: implicaciones para su manejo y conservación ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2019 –                 José Miguel Amaro Estrada. « Evolución molecular en miembros de la familia génica CDPK en coníferas boreales y subtropicales ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX

2016 – 2019     Verónica Reyes Galindo (codirección). « Análisis del transcriptoma en mecanismos involucrados en la tolerancia a ozono troposférico en Abies religiosa ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

20142018     Gustavo Ibrahim Giles Pérez. « Estructura genética y divergencia de dos especies de oyamel (Abies, Pinaceae) en la Faja Volcánica Transmexicana ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2013 – 2016     Rodrigo Iván Reyes Pérez. « Diagnóstico genético-ecológico de la población de Hemidactylus frenatus, un geco invasivo en México ». Posgrado en Ciencias biológicas e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX
 

Licenciatura

2014 – 2018     José Miguel Amaro Estrada. « Diferencias en la tasa de recombinación intrapoblacional en genes de copia única de Abies religiosa ». Facultad de Ciencias e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2014 – 2018    Omar Garduño Sánchez. « Evolución de regiones del genoma mitocondrial de pastos (Poaceae) ricas en microsatélites ». Facultad de Ciencias e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2014 – 2017    Paulina Chavarria. « Detección de fuerzas selectivas en poblaciones afectadas por cuellos de botella ». Facultad de Ciencias e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2012 – 2015     Iván Méndez González. « Genética del paisaje de los bosques de oyamel del Volcán Ajusco ». Facultad de Ciencias e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2010 – 2013     Julia Múgica Galart. « Determinación de grupos genéticos en abetos distribuidos a lo largo de la Faja Volcánica Transmexicana ». Facultad de Ciencias e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX.

2010 – 2012     Juan José Ramírez Lerma. « Caracterización de genes de la subfamilia de factores de transcripción R2R3-MYB en el abeto Abies religiosa ». Facultad de Ciencias e Instituto de Ecología - UNAM. CDMX